宋书卷二
《宋书》卷二
本纪第一
本纪第一
作者：沈约 南梁
作者：沈约（南梁）
本纪第二
本纪第二
武帝上
武帝上
武帝上
武帝上
高祖武皇帝讳裕，字德舆，小名寄奴，彭城县绥舆里人，[1]汉高帝弟楚元王交之后也。交生红懿侯富，富生宗正辟彊，辟彊生阳城缪侯德，德生阳城节侯安民，安民生阳城厘侯庆忌，庆忌生阳城肃侯岑，岑生宗正平，平生东武城令某，某生东莱太守景，景生明经洽，洽生博士弘，弘生瑯邪都尉悝，悝生魏定襄太守某，某生邪城令亮，亮生晋北平太守膺，膺生相国掾熙，熙生开封令旭孙。旭孙生混，始过江，居晋陵郡丹徒县之京口里，官至武原令。混生东安太守靖，靖生郡功曹翘，是为皇考。高祖以晋哀帝兴宁元年岁次癸亥三月壬寅夜生。及长，身长七尺六寸，风骨奇特。家贫，有大志，不治廉隅。事继母以孝谨称。
高祖武皇帝名裕，字德舆，小名寄奴，是彭城县绥舆里人，[1]汉高帝弟弟楚元王刘交的后代。刘交生红懿侯刘富，刘富生宗正刘辟彊，刘辟彊生阳城缪侯刘德，刘德生阳城节侯刘安民，刘安民生阳城厘侯刘庆忌，刘庆忌生阳城肃侯刘岑，刘岑生宗正刘平，刘平生东武城令某，某生东莱太守刘景，刘景生明经刘洽，刘洽生博士刘弘，刘弘生琅邪都尉刘悝，刘悝生魏定襄太守某，某生邪城令刘亮，刘亮生晋北平太守刘膺，刘膺生相国掾刘熙，刘熙生开封令刘旭孙。刘旭孙生刘混，开始渡过长江，居住在晋陵郡丹徒县的京口里，官至武原令。刘混生东安太守刘靖，刘靖生郡功曹刘翘，这就是皇考。高祖在晋哀帝兴宁元年（岁次癸亥）三月壬寅夜出生。长大后，身高七尺六寸，风骨奇特。家境贫寒，胸怀大志，不注重品行细节。侍奉继母以孝顺谨慎著称。
初为冠军孙无终司马。安帝隆安三年十一月，妖贼孙恩作乱于会稽，晋朝衞将军谢琰、前将军刘牢之东讨。牢之请高祖参府军事。十二月，牢之至吴，而贼缘道屯结，牢之命高祖与数十人觇贼远近。会遇贼至，众数千人，高祖便进与战。所将人多死，而战意方厉，手奋长刀，所杀伤甚众。牢之子敬宣疑高祖淹久，恐为贼所困，乃轻骑寻之。既而众骑并至，贼乃奔退，斩获千余人，推锋而进，平山阴，恩遁还入海。
起初担任冠军将军孙无终的司马。晋安帝隆安三年十一月，妖贼孙恩在会稽作乱，晋朝卫将军谢琰、前将军刘牢之向东征讨。刘牢之请高祖参与府中军事。十二月，刘牢之到达吴地，而贼兵沿路屯聚，刘牢之命高祖与数十人侦察贼兵远近。恰逢贼兵到来，有数千人，高祖便上前与之交战。他带领的人大多战死，但战斗意志更加激昂，亲手挥舞长刀，杀伤很多敌人。刘牢之的儿子刘敬宣怀疑高祖滞留太久，恐怕被贼兵围困，于是轻骑寻找他。不久众多骑兵一同赶到，贼兵才奔逃撤退，斩获一千多人，乘胜前进，平定山阴，孙恩逃遁入海。
四年五月，恩复入会稽，杀衞将军谢琰。十一月，刘牢之复率众东征，恩退走。牢之屯上虞，使高祖戍句章城。句章城既卑小，战士不盈数百人，高祖常被坚执锐，为士卒先，每战辄摧锋陷阵，贼乃退还浃口。于时东伐诸帅，御军无律，士卒暴掠，甚为百姓所苦。唯高祖法令明整，所至莫不亲赖焉。
四年五月，孙恩再次进入会稽，杀死卫将军谢琰。十一月，刘牢之又率众东征，孙恩退走。刘牢之屯驻上虞，派高祖戍守句章城。句章城既低矮狭小，战士不满数百人，高祖常身披铠甲手持锐器，身先士卒，每次作战都摧折敌锋攻陷敌阵，贼兵于是退回浃口。当时东征的各路将帅，治军没有纪律，士兵残暴掠夺，百姓深受其苦。只有高祖法令严明整肃，所到之处无不亲近依赖。
五年春，孙恩频攻句章，高祖屡摧破之，恩复走入海。三月，恩北出海盐，高祖追而翼之，筑城于海盐故治。贼日来攻城，城内兵力甚弱，高祖乃选敢死之士数百人，咸脱甲胄，执短兵，并鼓噪而出，贼震惧夺气，因其惧而奔之，并弃甲散走，斩其大帅姚盛。虽连战克胜，然众寡不敌，高祖独深虑之。一夜，偃旗匿众，若已遁者。明晨开门，使羸疾数人登城。贼遥问刘裕所在。曰：「夜已走矣。」贼信之，乃率众大上。高祖乘其懈怠，奋击，大破之。恩知城不可下，乃进向沪渎。高祖复弃城追之。海盐令鲍陋遣子嗣之以吴兵一千，请为前驱。高祖曰：「贼兵甚精，吴人不习战，若前驱失利，必败我军。可在后为声援。」不从。是夜，高祖多设伏兵，兼置旗鼓，然一处不过数人。明日，贼率众万余迎战。前驱既交，诸伏皆出，举旗鸣鼓。贼谓四面有军，乃退。嗣之追奔，为贼所没。高祖且战且退，贼盛，所领死伤且尽。高祖虑不免，至向伏兵处，乃止，令左右脱取死人衣。贼谓当走反停，疑犹有伏。高祖因呼更战，气色甚猛，贼众以为然，乃引军去。高祖徐归，然后散兵稍集。五月，孙恩破沪渎，杀吴国内史袁山松，死者四千人。是月，高祖复破贼于娄县。
五年春天，孙恩频繁进攻句章，高祖屡次击退他，孙恩又逃入海中。三月，孙恩北出海盐，高祖追击并侧翼掩护，在海盐旧治筑城。贼兵每天来攻城，城内兵力很弱，高祖便挑选数百名敢死之士，都脱下铠甲，手持短兵器，一起鼓噪而出，贼兵震惊恐惧丧失士气，高祖趁其恐惧而追击，贼兵都丢弃铠甲散逃，斩杀其大帅姚盛。虽然连续作战取得胜利，但众寡不敌，高祖独自深深忧虑。一天夜里，他偃旗息鼓隐藏部众，好像已经逃走的样子。第二天早晨开门，让几个瘦弱有病的人登城。贼兵远远问刘裕在哪里。回答说：“夜里已经逃走了。”贼兵相信了，于是率众大举进攻。高祖趁他们懈怠，奋力攻击，大败贼兵。孙恩知道城不可攻下，于是进军向沪渎。高祖又弃城追击。海盐令鲍陋派儿子鲍嗣之率吴兵一千人，请求担任前锋。高祖说：“贼兵很精锐，吴人不熟悉作战，如果前锋失利，必定败坏我军。可以在后面作为声援。”鲍陋不听。当夜，高祖多设伏兵，并设置旗鼓，但一处不过数人。第二天，贼兵率众一万多人迎战。前锋交战，各处伏兵都出击，举旗鸣鼓。贼兵以为四面有军队，于是撤退。鲍嗣之追击逃兵，被贼兵消灭。高祖且战且退，贼兵势盛，所带领的部众死伤将尽。高祖担心不能幸免，到了先前伏兵的地方，就停下来，命左右脱下死人的衣服。贼兵以为他应当逃跑却反而停下，怀疑还有伏兵。高祖于是呼喊再战，气势很勇猛，贼众以为是这样，便率军离去。高祖慢慢返回，然后散兵逐渐聚集。五月，孙恩攻破沪渎，杀死吴国内史袁山松，死者四千人。这个月，高祖又在娄县击败贼兵。
六月，恩乘胜浮海，奄至丹徒，战士十余万。刘牢之犹屯山阴，京邑震动。高祖倍道兼行，与贼俱至。于时众力既寡，加以步远疲劳，而丹徒守军莫有鬭志。恩率众数万，鼓噪登蒜山，居民皆荷担而立。高祖率所领奔击，大破之，投𪩘赴水死者甚众。恩以彭排〈音败〉自载，[2]仅得还船。虽被摧破，犹恃其众力，径向京师。楼船高大，值风不得进，旬日乃至白石。寻知刘牢之已还，朝廷有备，遂走向郁洲。八月，以高祖为建武将军、下邳太守，领水军追讨至郁洲，[3]复大破恩。恩南走。十一月，高祖追恩于沪渎，及海盐，又破之。三战并大获，俘馘以万数。恩自是饥馑疾疫，死者太半，自浃口奔临海。
六月，孙恩乘胜渡海，突然到达丹徒，战士十余万。刘牢之还屯驻山阴，京城震动。高祖日夜兼程，与贼兵同时到达。当时兵力既少，加上步行远路疲劳，而丹徒守军没有斗志。孙恩率众数万，鼓噪登上蒜山，居民都挑着担子站立。高祖率所部奔袭攻击，大败贼兵，投山崖落水而死的很多。孙恩用彭排（音败）[2]保护自己，仅得返回船上。虽然被击败，仍依仗其人多，径直向京城进发。楼船高大，遇风不能前进，十天后才到白石。不久得知刘牢之已经返回，朝廷有防备，于是逃向郁洲。八月，任命高祖为建武将军、下邳太守，率领水军追讨到郁洲，[3]又大败孙恩。孙恩南逃。十一月，高祖在沪渎追击孙恩，到达海盐，又击败他。三战都大获全胜，俘获斩首数以万计。孙恩从此遭遇饥荒和瘟疫，死者大半，从浃口逃奔临海。
元兴元年正月，骠骑将军司马元显西伐荆州刺史桓玄，玄亦率荆楚大众，下讨元显。元显遣镇北将军刘牢之拒之，高祖参其军事。次溧洲。玄至，高祖请击之，不许，将遣子敬宣诣玄请和。高祖与牢之甥东海何无忌并固谏，不从。[4]遂遣敬宣诣玄。玄克京邑，杀元显，以牢之为会稽内史。惧而告高祖曰：「便夺我兵，祸其至矣。今当北就高雅于广陵举事，卿能从我去乎？」答曰：「将军以劲卒数万，望风降服。彼新得志，威震天下。三军人情，都已去矣，广陵岂可得至邪！裕当反服还京口耳。」牢之叛走自缢死。何无忌谓高祖曰：「我将何之？」高祖曰：「镇北去必不免，卿可随我还京口。桓玄必能守节北面，我当与卿事之；不然，与卿图之。今方是玄矫情任算之日，必将用我辈也。」桓玄从兄修以抚军镇丹徒，以高祖为中兵参军，军、郡如故。
元兴元年正月，骠骑将军司马元显西征荆州刺史桓玄，桓玄也率领荆楚大军，东下讨伐司马元显。司马元显派镇北将军刘牢之抵抗他，高祖参与刘牢之的军事。驻扎在溧洲。桓玄到来，高祖请求攻击他，刘牢之不同意，准备派儿子刘敬宣到桓玄那里请和。高祖与刘牢之的外甥东海何无忌一起坚决劝谏，刘牢之不听。[4]于是派刘敬宣到桓玄那里。桓玄攻克京城，杀死司马元显，任命刘牢之为会稽内史。刘牢之恐惧地告诉高祖说：“就这样夺了我的兵权，灾祸就要到了。现在应当北到广陵投靠高雅举事，你能跟我去吗？”高祖回答说：“将军率领数万劲旅，望风降服。他刚刚得志，威震天下。三军的人心，都已经离去了，广陵怎么能到达呢！我刘裕应当换下官服回京口罢了。”刘牢之叛逃后上吊自杀。何无忌对高祖说：“我将去哪里？”高祖说：“镇北将军去后必不能免祸，你可以跟我回京口。桓玄必定能守臣节北面称臣，我当与你侍奉他；不然，就与你图谋他。现在正是桓玄矫情任算的时候，必将任用我们这些人。”桓玄的堂兄桓修以抚军身份镇守丹徒，任命高祖为中兵参军，军职和郡守职务如故。
孙恩自奔败之后，徒旅渐散，惧生见获，乃于临海投水死。余众推恩妹夫卢循为主。桓玄欲且缉宁东土，以循为永嘉太守。循虽受命，而寇暴不已。五月，玄复遣高祖东征。时循自临海入东阳。二年正月，玄复遣高祖破循于东阳。循奔永嘉，复追破之，斩其大帅张士道，追讨至于晋安，循浮海南走。六月，加高祖彭城内史。
孙恩自从逃奔失败后，部众逐渐离散，害怕被活捉，于是在临海投水而死。余众推举孙恩的妹夫卢循为首领。桓玄想暂且安抚东方，任命卢循为永嘉太守。卢循虽然接受任命，但侵扰劫掠不止。五月，桓玄又派高祖东征。当时卢循从临海进入东阳。二年正月，桓玄又派高祖在东阳击败卢循。卢循逃奔永嘉，又追击击败他，斩杀其大帅张士道，追讨到晋安，卢循渡海南逃。六月，加授高祖为彭城内史。
桓玄为楚王，将谋篡盗。玄从兄衞将军谦屏人问高祖曰：「楚王勋德隆重，四海归怀。朝廷之情，咸谓宜有揖让，卿意以为何如？」高祖既志欲图玄，乃逊辞答曰：「楚王，宣武之子，勋德盖世。晋室微弱，民望久移，乘运禅代，有何不可。」谦喜曰：「卿谓可尔，便当是真可尔。」十二月，桓玄篡帝位，迁天子于寻阳。桓修入朝，高祖从至京邑。玄见高祖，谓司徒王谧曰：「昨见刘裕，风骨不恒，盖人杰也。」每游集，辄引接慇懃，赠赐甚厚。高祖愈恶之。或说玄曰：「刘裕龙行虎步，视瞻不凡，恐不为人下，宜蚤为其所。」玄曰：「我方欲平荡中原，非刘裕莫可付以大事。关、陇平定，然后当别议之耳。」玄乃下诏曰：「刘裕以寡制众，屡摧妖锋。泛海穷追，十殄其八。诸将力战，多被重创。自元帅以下至于将士，并宜论赏，以敍勋烈。」
桓玄为楚王，将要图谋篡位。桓玄的堂兄卫将军桓谦屏退他人问高祖说：“楚王功勋德行隆重，天下归心。朝廷的意见，都认为应当有禅让，你的意思如何？”高祖既然立志要图谋桓玄，于是谦逊地回答说：“楚王是宣武公的儿子，功勋德行盖世。晋室衰弱，民心早已转移，乘运禅让取代，有什么不可。”桓谦高兴地说：“你说可以，那就真是可以了。”十二月，桓玄篡夺帝位，将天子迁到寻阳。桓修入朝，高祖跟随到京城。桓玄见到高祖，对司徒王谧说：“昨天见到刘裕，风骨不凡，大概是人间豪杰。”每次游宴集会，总是殷勤接待，赏赐很丰厚。高祖更加厌恶他。有人对桓玄说：“刘裕龙行虎步，眼神不凡，恐怕不甘居人下，应该早点处置他。”桓玄说：“我正要平定中原，非刘裕不能托付大事。关、陇平定后，再另行商议吧。”桓玄于是下诏说：“刘裕以少胜多，屡次摧毁妖贼锋芒。渡海穷追，消灭了十之八九。诸将奋力作战，多受重伤。从元帅以下到将士，都应论功行赏，以表彰功勋。”
先是高祖东征卢循，何无忌随至山阴，劝于会稽举义。高祖以为玄未据极位，且会稽遥远，事济为难，俟其篡逆事著，徐于京口图之，不忧不克。至是桓修还京，高祖托以金创疾动，不堪步从，乃与无忌同船共还，建兴复之计。于是与弟道规、沛郡刘毅、平昌孟昶、任城魏咏之、高平檀凭之、琅邪诸葛长民、太原王元德、陇西辛扈兴、东莞童厚之，并同义谋。时桓修弟弘为征虏将军、青州刺史，镇广陵。道规为弘中兵参军，昶为州主簿。乃令毅潜往就昶，聚徒于江北，谋起兵杀弘。长民为豫州刺史刁逵左军府参军，谋据历阳相应。元德、厚之谋于京邑聚众攻玄，并克期齐发。
先前高祖东征卢循，何无忌跟随到山阴，劝他在会稽举义。高祖认为桓玄尚未占据最高位置，而且会稽遥远，事情成功困难，等其篡逆之事明显，再慢慢在京口图谋，不担心不能成功。到这时桓修返回京城，高祖借口金疮发作，不能步行跟随，于是与何无忌同船返回，建立兴复的计划。于是与弟弟刘道规、沛郡刘毅、平昌孟昶、任城魏咏之、高平檀凭之、琅邪诸葛长民、太原王元德、陇西辛扈兴、东莞童厚之，一同参与义谋。当时桓修的弟弟桓弘为征虏将军、青州刺史，镇守广陵。刘道规为桓弘的中兵参军，孟昶为州主簿。于是令刘毅秘密前往投靠孟昶，在江北聚集徒众，谋划起兵杀桓弘。诸葛长民为豫州刺史刁逵的左军府参军，谋划占据历阳相应。王元德、童厚之谋划在京城聚集部众攻打桓玄，并约定日期同时发动。
三年二月己丑朔，乙卯，高祖托以游猎，与无忌等收集义徒，凡同谋何无忌、魏咏之、咏之弟欣之、顺之、檀凭之、凭之从子韶、韶弟祗、隆、道济、[5]道济从兄范之、高祖弟道怜、刘毅、毅从弟藩、孟昶、昶族弟怀玉、河内向弥、管义之、陈留周安穆、临淮刘蔚、从弟珪之、东莞臧熹、[6]从弟宝符、从子穆生、童茂宗、陈郡周道民、渔阳田演、谯国范清等二十七人；愿从者百余人。丙辰，诘旦，城开，无忌服传诏服，称诏居前。义众驰入，齐声大呼，吏士惊散，莫敢动，即斩修以徇。高祖哭甚恸，厚加殡敛。孟昶劝弘其日出猎。未明开门，出猎人，昶、道规、毅等率壮士五六十人因开门直入。弘方噉粥，即斩之，因收众济江。
三年二月己丑朔，乙卯日，高祖借口游猎，与何无忌等聚集义兵，共同谋划的有何无忌、魏咏之、咏之弟魏欣之、魏顺之、檀凭之、凭之侄檀韶、檀韶弟檀祗、檀隆、檀道济、[5]道济堂兄檀范之、高祖弟刘道怜、刘毅、毅堂弟刘藩、孟昶、昶族弟孟怀玉、河内向弥、管义之、陈留周安穆、临淮刘蔚、从弟刘珪之、东莞臧熹、[6]从弟臧宝符、从子臧穆生、童茂宗、陈郡周道民、渔阳田演、谯国范清等二十七人；愿意跟从的有一百多人。丙辰日，清晨，城门打开，何无忌穿着传诏的服装，声称有诏书走在前面。义兵驰入，齐声大喊，官吏士兵惊慌逃散，无人敢动，立即斩杀桓修示众。高祖哭得很悲痛，厚加殡殓。孟昶劝桓弘当天出猎。天没亮开门，放出猎人，孟昶、刘道规、刘毅等率壮士五六十人趁开门直入。桓弘正在喝粥，立即斩杀他，于是收聚部众渡江。
义军初克京城，修司马刁弘率文武佐吏来赴。高祖登城谓之曰：「郭江州已奉乘舆反正于寻阳，我等并被密诏，诛除逆党，同会今日。贼玄之首，已当枭于大航矣。诸君非大晋之臣乎，今来欲何为？」弘等信之，收众而退。毅既至，高祖命诛弘。
义军刚攻克京城，桓修的司马刁弘率领文武佐吏前来。高祖登城对他们说：“郭江州已奉迎天子在寻阳复位，我等都接到密诏，诛除逆党，共同会合于今日。贼桓玄的首级，已经应当悬挂在大航了。诸位不是大晋的臣子吗，现在来想做什么？”刁弘等人相信了，收聚部众而退。刘毅到来后，高祖命诛杀刁弘。
毅兄迈先在京师，事未发数日，高祖遣同谋周安穆报之，使为内应。迈外虽酬许，内甚震惧。安穆见其惶骇，虑事必泄，乃驰归。时玄以迈为竟陵太守，迈不知所为，便下船欲之郡。是夜，玄与迈书曰：「北府人情云何？卿近见刘裕何所道？」迈谓玄已知其谋，晨起白之。玄惊惧，封迈为重安侯；既而嫌迈不执安穆，使得逃去，[7]乃杀之。诛元德、扈兴、厚之等。召桓谦、卞范之等谋拒高祖。谦等曰：「亟遣兵击之。」玄曰：「不然。彼兵速锐，计出万死。若行遣水军，不足相抗，如有蹉跌，则彼气成而吾事败矣。不如屯大众于覆舟山以待之。彼空行二百里，无所措手，锐气已挫，既至，忽见大军，必惊惧骇愕。我案兵坚阵，勿与交锋，彼求战不得，自然散走。此计之上也。」谦等固请，乃遣顿丘太守吴甫之、右衞将军皇甫敷北拒义军。
刘毅的哥哥刘迈先前在京城，事情还没发生前几天，高祖派同谋周安穆去通知他，让他做内应。刘迈表面上答应，内心却非常恐惧。周安穆看到他惊慌害怕，担心事情一定会泄露，就骑马赶了回来。当时桓玄任命刘迈为竟陵太守，刘迈不知如何是好，便下船准备去郡上任。当天夜里，桓玄给刘迈写信说：「北府的人心怎么样？你最近见到刘裕，他说了什么？」刘迈以为桓玄已经知道了他们的密谋，早晨起来就报告了桓玄。桓玄又惊又怕，封刘迈为重安侯；随后又嫌刘迈没有抓住周安穆，让他得以逃走，于是杀了刘迈。又诛杀了元德、扈兴、厚之等人。召来桓谦、卞范之等人商议抵抗高祖。桓谦等人说：「赶快派兵攻打他。」桓玄说：「不行。他的军队行动迅速、锐气正盛，是抱着必死的决心。如果派水军去，不足以对抗，万一有闪失，那么他们的气势就成了，我们的大事就失败了。不如在覆舟山驻扎大军来等待他们。他们空行二百里，无处下手，锐气已经受挫，到了之后，忽然看见大军，一定会惊慌恐惧。我们按兵不动，坚守阵地，不与他们交战，他们求战不得，自然会四散逃走。这是上策。」桓谦等人坚持请求出战，于是派顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷北上抵抗义军。
玄自闻军起，忧惧无复为计。或曰：「刘裕等众力甚弱，岂办之有成，陛下何虑之甚。」玄曰：「刘裕足为一世之雄；刘毅家无担石之储，摴蒲一掷百万；何无忌，刘牢之甥，酷似其舅。共举大事，何谓无成。」
桓玄自从听说义军起事，忧虑恐惧，想不出什么办法。有人说：「刘裕等人的兵力很弱，怎么能成事，陛下何必如此忧虑。」桓玄说：「刘裕足以成为一代英雄；刘毅家里连一担粮食的储备都没有，赌博却一掷百万；何无忌是刘牢之的外甥，很像他舅舅。他们共同举大事，怎么能说不会成功。」
众推高祖为盟主，移檄京邑，曰：
众人推举高祖为盟主，向京城发布檄文，说：
夫治乱相因，理不常泰，狡焉肆虐，或值圣明。自我大晋，阳九屡构，隆安以来，难结皇室，忠臣碎于虎口，贞良弊于豺狼。逆臣桓玄，陵虐人鬼，阻兵荆郢，肆暴都邑。天未亡难，凶力繁兴，逾年之间，遂倾皇祚。主上播越，流幸非所，神器沉沦，七庙毁坠。夏后之罹浞、豷，有汉之遭莽、卓，方之于玄，未足为喻。自玄纂逆，于今历年，亢旱弥时，民无生气。加以士庶疲于转输，文武困于造筑，父子乖离，室家分散，岂唯大东有杼轴之悲，摽梅有倾筐之塈而已哉。仰观天文，俯察人事，此而能久，孰有可亡。凡在有心，谁不扼腕。裕等所以叩心泣血，不遑启处者也。是故夕寐宵兴，援奖忠烈，潜搆崎岖，险过履虎。辅国将军刘毅、广武将军何无忌、镇北主簿孟昶、兖州主簿魏咏之、宁远将军刘道规、龙骧将军刘藩、振威将军檀凭之等，忠烈断金，精贯白日，荷戈奋袂，志在毕命。益州刺史毛璩，万里齐契，扫定荆楚。江州刺史郭昶之，奉迎主上，宫于寻阳。镇北参军王元德等，并率部曲，保据石头。扬武将军诸葛长民，收集义士，已据历阳。征虏参军庾赜之等，潜相连结，以为内应。同力协规，所在蜂起，即日斩伪徐州刺史安城王修、青州刺史弘首。义众既集，文武争先，咸谓不有一统，则事无以辑。裕辞不获已，遂总军要。庶上凭祖宗之灵，下罄义夫之力，剪馘逋逆，荡清京辇。
治和乱相互交替，按理不会永远太平，狡猾的人肆虐作恶，有时正逢圣明之世。自从我大晋王朝，多次遭遇厄运，隆安年以来，祸难集结于皇室，忠臣在虎口中粉身碎骨，贞良之士在豺狼中受害。逆臣桓玄，欺凌虐待人鬼，凭借兵力盘踞荆郢，在京城肆意施暴。上天没有让祸难消亡，凶恶势力频繁兴起，一年多的时间里，就颠覆了皇位。主上流亡，寄居在不是他该去的地方，帝位沉沦，七庙毁坏坠落。夏后氏遭受寒浞、豷的祸害，汉朝遭遇王莽、董卓的灾难，和桓玄相比，还不足以比喻。自从桓玄篡位，到现在已经过了一年，大旱持续了很久，百姓没有生机。加上士人平民疲于运输，文武官员困于建造，父子分离，家人分散，难道只是《大东》诗里有杼轴之悲、《摽梅》诗里有倾筐之叹吗？仰观天文，俯察人事，这种情况如果能长久，那还有什么不能灭亡的？凡是有心的人，谁不扼腕叹息。刘裕等人之所以捶胸泣血，无暇安居，就是因为这个。所以夜以继日，激励忠烈之士，暗中艰难谋划，危险超过踩老虎尾巴。辅国将军刘毅、广武将军何无忌、镇北主簿孟昶、兖州主簿魏咏之、宁远将军刘道规、龙骧将军刘藩、振威将军檀凭之等人，忠烈之心可以断金，精诚之气贯穿白日，扛起武器，奋起衣袖，立志效命。益州刺史毛璩，万里之外同心协力，扫平荆楚。江州刺史郭昶之，奉迎主上，在寻阳建立行宫。镇北参军王元德等人，都率领部曲，据守石头城。扬武将军诸葛长民，聚集义士，已经占据了历阳。征虏参军庾赜之等人，暗中联络，作为内应。大家同心协力，共同谋划，各处纷纷起事，当天就斩杀了伪徐州刺史安城王桓修、青州刺史桓弘的首级。义军已经聚集，文武官员争先恐后，都说如果没有统一的指挥，事情就无法成功。刘裕推辞不掉，于是总揽军务。希望上凭祖宗的威灵，下尽义士的力量，消灭逃窜的逆贼，荡清京城。
公侯诸君，或世树忠贞，或身荷爵宠，而并俛眉猾竖，自効莫由，顾瞻周道，宁不吊乎！今日之举，良其会也。裕以虚薄，才非古人，势接于已践之机，受任于既颓之运。丹诚未宣，感慨愤跃，望霄汉以永怀，眄山川以增厉。授檄之日，神驰贼廷。
各位公侯，有的世代树立忠贞，有的自身承受爵位恩宠，却都向奸贼低头，无法报效，看看周朝的大道，难道不令人悲伤吗！今天的行动，正是好时机。刘裕才疏学浅，才能不如古人，在形势已经发展到这一步时接手，在国运已经衰颓时接受任命。赤诚之心尚未表达，感慨激愤，仰望天空而长久思念，环视山川而更加奋发。发布檄文这一天，心神已经飞向贼廷。
以孟昶为长史，总摄后事；檀凭之为司马。百姓愿从者千余人。
任命孟昶为长史，总管后方事务；檀凭之为司马。愿意跟随的百姓有一千多人。
三月戊午朔，遇吴甫之于江乘。甫之，玄骁将也，其兵甚锐。高祖躬执长刀，大呼以冲之，众皆披靡，即斩甫之。进至罗落桥，皇甫敷率数千人逆战。宁远将军檀凭之与高祖各御一队，凭之战败见杀，其众退散。高祖进战弥厉，前后奋击，应时摧破，即斩敷首。初高祖与何无忌等共建大谋，有善相者相高祖及无忌等并当大贵，其应甚近，惟云凭之无相。高祖与无忌密相谓曰：「吾等既为同舟，理无偏异。吾徒咸皆富贵，则檀不应独殊。」深不解相者之言。至是而凭之战死，高祖知其事必捷。
三月初一戊午日，在江乘遇到吴甫之。吴甫之是桓玄的猛将，他的军队非常精锐。高祖亲自手持长刀，大喊着冲向他们，敌军都溃散，当即斩杀了吴甫之。进军到罗落桥，皇甫敷率领几千人迎战。宁远将军檀凭之和高祖各自率领一队，檀凭之战败被杀，他的部队退散。高祖进攻更加猛烈，前后奋力攻击，立刻击溃敌军，斩下了皇甫敷的首级。当初高祖和何无忌等人共同策划大计，有个善于相面的人给高祖和何无忌等人看相，说他们都将大富大贵，应验的时间很近，只说檀凭之没有富贵相。高祖和何无忌私下议论说：「我们既然同舟共济，按理不应有偏颇。我们大家都富贵，檀凭之不应该独自不同。」很不理解相面者的话。到这时檀凭之战死，高祖知道这件事一定会胜利。
玄闻敷等并没，愈惧。使桓谦屯东陵口，卞范之屯覆舟山西，众合二万。己未旦，义军食毕，弃其余粮，进至覆舟山东，使丐士张旗帜于山上，以为疑兵。玄又遣武骑将军庾祎之，[8]配以精卒利器，助谦等。高祖躬先士卒以奔之，将士皆殊死战，无不一当百，呼声动天地。时东北风急，因命纵火，烟爓张天，鼓噪之音震京邑。谦等诸军，一时土崩。玄始虽遣军置阵，而走意已决，别使领军将军殷仲文具舟于石头，仍将子姪浮江南走。
桓玄听说皇甫敷等人全军覆没，更加害怕。派桓谦驻守东陵口，卞范之驻守覆舟山西面，兵力合计两万人。己未日早晨，义军吃完饭，丢弃剩余的粮食，进军到覆舟山东面，派乞丐在山上竖起旗帜，作为疑兵。桓玄又派武骑将军庾祎之，配备精兵利器，协助桓谦等人。高祖亲自身先士卒冲向敌军，将士们都拼死作战，无不以一当百，呼喊声震动天地。当时东北风很急，于是下令放火，烟雾火焰遮天蔽日，鼓噪之声震动京城。桓谦等各路军队，一时土崩瓦解。桓玄虽然最初派兵布阵，但逃跑的主意已经决定，另外派领军将军殷仲文在石头城准备船只，然后带着子侄渡江南逃。
庚申，高祖镇石头城，立留台官，[9]焚桓温神主于宣阳门外，造晋新主，立于太庙。遣诸将帅追玄，尚书王嘏率百官奉迎乘舆。[10]司徒王谧与众议推高祖领扬州，固辞。乃以谧为录尚书事，领扬州刺史。于是推高祖为使持节、都督扬、徐、兖、豫、青、冀、幽、并八州诸军事、领军将军、徐州刺史。[11]
庚申日，高祖镇守石头城，设立留台官员，在宣阳门外焚烧了桓温的神主牌位，制作了晋朝的新神主，安放在太庙。派各位将帅追击桓玄，尚书王嘏率领百官奉迎皇帝车驾。司徒王谧和众人商议推举高祖兼任扬州刺史，高祖坚决推辞。于是任命王谧为录尚书事，兼任扬州刺史。于是推举高祖为使持节、都督扬、徐、兖、豫、青、冀、幽、并八州诸军事、领军将军、徐州刺史。
先是朝廷承晋氏乱政，百司纵弛，桓玄虽欲厘整，而众莫从之。高祖以身范物，先以威禁内外，百官皆肃然奉职，二三日间，风俗顿改。且桓玄虽以雄豪见推，而一朝便有极位，晋氏四方牧守及在朝大臣，尽心伏事，臣主之分定矣。高祖位微于朝，众无一旅，奋臂草莱之中，倡大义以复皇祚。由是王谧等诸人时失民望，[12]莫不愧而惮焉。
在此之前，朝廷沿袭了晋朝的混乱政治，各部门松懈废弛，桓玄虽然想整顿，但众人都不听从。高祖以身作则，先用威严禁令约束内外，百官都恭敬地履行职责，两三天之间，风气立刻改变。而且桓玄虽然被推崇为英雄豪杰，但一下子就有了最高地位，晋朝各地的守令和在朝大臣，都尽心侍奉，君臣的名分已经确定了。高祖在朝廷地位低微，兵力不足一旅，在民间奋臂而起，倡导大义来恢复皇位。因此王谧等人当时失去了民心，没有不惭愧而畏惧的。
诸葛长民失期不得发，刁逵执送之，未至而玄败。
诸葛长民错过了约定的日期没能出发，刁逵抓住他送往京城，还没送到桓玄就失败了。
桓玄经过寻阳，江州刺史郭昶之准备了皇帝车驾和法物供给他。桓玄收集了二千多人，挟持天子逃往江陵。冠军将军刘毅、辅国将军何无忌、振武将军刘道规率领各路军队追击讨伐。
尚书左仆射王愉、王愉的儿子荆州刺史王绥等人，是江东的世家大族。王绥年轻时就有很大的名声，因为高祖出身平民，非常轻视怠慢他。王绥是桓氏的外甥，也有自我怀疑的心思。高祖把他们全部杀了。
四月，奉武陵王遵为大将军，承制。大赦天下，唯桓玄一祖后不在赦例。
四月，尊奉武陵王司马遵为大将军，代行皇帝职权。大赦天下，只有桓玄的祖孙后代不在赦免之列。
初高祖家贫，尝负刁逵社钱三万，经时无以还。逵执录甚严，王谧造逵见之，密以钱代还，由是得释。高祖名微位薄，盛流皆不与相知，唯谧交焉。桓玄将篡，谧手解安帝玺绂，为玄佐命功臣。及义旗建，众并谓谧宜诛，唯高祖保持之。刘毅尝因朝会，问谧玺绂所在，谧益惧。及王愉父子诛，谧从弟谌谓谧曰：「王驹无罪，而义旗诛之，此是剪除胜己，以绝民望。兄既桓氏党附，名位如此，欲求免得乎？」驹，愉小字也。谧惧，奔于曲阿。高祖牋白大将军，深相保谧，迎还复位。光禄勋卞承之、[13]左衞将军褚粲、游击将军司马秀役使官人，为御史中丞王祯之所纠察，谢牋言辞怨愤。承之造司宜藏。高祖与大将军牋，白「粲等备位大臣，所怀必尽。执宪不允，自应据理陈诉，而横兴怨忿，归咎有司。宜加裁当，以清风轨」。并免官。
当初高祖家境贫寒，曾经欠刁逵社钱三万，过了很久无法偿还。刁逵抓他逼债很严，王谧去拜访刁逵时见到了高祖，暗中用钱代他还了债，高祖因此得以解脱。高祖名声小地位低，名流都不和他交往，只有王谧和他结交。桓玄将要篡位时，王谧亲手解下安帝的玺绶，成为桓玄的佐命功臣。等到义军兴起，众人都说王谧应该诛杀，只有高祖保护他。刘毅曾经在朝会上问王谧玺绶在哪里，王谧更加害怕。等到王愉父子被杀，王谧的堂弟王谌对王谧说：「王驹没有罪，义军却杀了他，这是铲除比自己强的人，以断绝民众的期望。兄长你既然是桓氏的党羽，名位又这样，想求得免死吗？」王驹是王愉的小名。王谧害怕，逃到曲阿。高祖写信禀告大将军，极力保护王谧，迎接他回来恢复职位。光禄勋卞承之、左卫将军褚粲、游击将军司马秀役使官人，被御史中丞王祯之纠察弹劾，他们上书的谢表言辞怨愤。卞承之到有关部门藏匿。高祖给大将军写信，说「褚粲等人充数大臣之位，心里有什么话都应该说出来。执法不公，自然应该据理陈述，却横生怨愤，归咎有关部门。应该加以裁断，以整肃风气」。于是将他们全部免官。
桓玄兄子歆，[14]聚众向历阳，高祖命辅国将军诸葛长民击走之。无忌、道规破玄大将郭铨等于桑落洲，[15]众军进据寻阳。加高祖都督江州诸军事。玄既还荆郢，大聚兵众，召水军造楼船、器械，率众二万，挟天子发江陵，浮江东下，与冠军将军刘毅等相遇于峥嵘洲，众军下击，大破之。[16]玄弃众，复挟天子还复江陵。玄党殷仲文奉晋二皇后还京师。玄至江陵，因西走。南郡太守王腾之、荆州别驾王康产奉天子入南郡府。初征虏将军、益州刺史毛璩，遣从孙祐之与参军费恬送弟丧下，有众二百。璩弟子修之时为玄屯骑校尉，[17]诱玄以入蜀。至枚回洲，恬与祐之迎射之。益州督护冯迁斩玄首，传京师。又斩玄子升于江陵市。
桓玄哥哥的儿子桓歆，聚集部众向历阳进发，高祖命令辅国将军诸葛长民击退了他。何无忌、刘道规在桑落洲击败了桓玄的大将郭铨等人，各路军队进军占据了寻阳。加授高祖都督江州诸军事。桓玄回到荆郢后，大量聚集兵众，征召水军建造楼船、器械，率领两万人，挟持天子从江陵出发，顺江东下，与冠军将军刘毅等人在峥嵘洲相遇，各路军队向下游攻击，大败桓玄。桓玄抛弃部众，再次挟持天子返回江陵。桓玄的党羽殷仲文护送晋朝两位皇后回到京城。桓玄到了江陵，于是向西逃跑。南郡太守王腾之、荆州别驾王康产奉迎天子进入南郡府。当初征虏将军、益州刺史毛璩，派从孙毛祐之和参军费恬护送弟弟的灵柩东下，有二百部众。毛璩弟弟的儿子毛修之当时是桓玄的屯骑校尉，引诱桓玄进入蜀地。到了枚回洲，费恬和毛祐之迎面射桓玄。益州督护冯迁斩下桓玄的首级，传送到京城。又在江陵街市上斩杀了桓玄的儿子桓升。
初玄败于峥嵘洲，义军以为大事已定，追蹑不速。玄死几一旬，众军犹不至。玄从子振逃于华容之涌中，[18]招聚逆党数千人，晨袭江陵城，居民竞出赴之。腾之、康产皆被杀。桓谦先匿于沮川，亦聚众以应。振为玄举哀，立丧廷。谦率众官奉玺绶于安帝。无忌、道规既至江陵，与桓振战于灵溪。玄党冯该又设伏于杨林，义军奔败，退还寻阳。
当初桓玄在峥嵘洲战败，义军认为大事已经平定，追击不够迅速。桓玄死了将近十天，各路军队还没赶到。桓玄的侄子桓振逃到华容的涌水之中，招集聚集逆党几千人，清晨袭击江陵城，居民争相出来投奔他。王腾之、王康产都被杀。桓谦先前藏在沮水一带，也聚集部众响应。桓振为桓玄发丧，设立灵堂。桓谦率领众官把玺绶奉还给安帝。何无忌、刘道规到达江陵后，与桓振在灵溪交战。桓玄的党羽冯该又在杨林设下伏兵，义军败逃，退回寻阳。
兖州刺史辛禺怀有二心。恰逢北青州刺史刘该反叛，辛禺请求征讨刘该，驻扎在淮阴，又反叛。辛禺的长史羊穆之斩杀了辛禺，将首级传送到京城。十月，高祖兼任青州刺史。带领一百名全副武装的士兵进入宫殿。
刘毅诸军复进至夏口。毅攻鲁城，道规攻偃月垒，皆拔之。十二月，诸军进平巴陵。
刘毅等各路军队又进军到夏口。刘毅攻打鲁城，刘道规攻打偃月垒，都攻占了。十二月，各路军队进军平定了巴陵。
义熙元年正月，毅等至江津，破桓谦、桓振，江陵平，天子反正。三月，天子至自江陵。诏曰：
义熙元年正月，刘毅等人到达江津，击败了桓谦、桓振，江陵平定，天子恢复帝位。三月，天子从江陵到达京城。下诏说：
古称大者天地，其次君臣，所以列贯三辰，神人代序，谅理本于造昧，而运周于万叶。故盈否时袭，四灵通其变，王道或昧，贞贤拯其危，天命所以永固，人心所以攸穆。虽夏、周中倾，赖靡、申之绩，莽、伦载窃，实二代是维。或乘资藉号，或业隆异世，犹诗书以之休咏，记策用为美谈。未有因心抚民，而诚发理应，援神器于已沦，若在今之盛者也。
古人说，最大的莫过于天地，其次就是君臣关系，因此日月星辰排列有序，神灵与人类世代更替，这确实是因为道理本源于混沌初开之时，而命运运转于万世之中。所以盛衰交替出现，四灵通达其变化，王道有时昏暗，忠贞贤能之人拯救其危难，天命因此得以永固，人心因此得以和顺。即使夏朝、周朝中途倾覆，依靠靡、申的功绩；王莽、司马伦窃取权位，实际上也是两代维系。有的人凭借资历借取名号，有的人功业兴隆于不同时代，尚且被《诗经》《尚书》赞美歌颂，史书记载成为美谈。从未有顺应民心安抚百姓，而诚心发出、道理应和，从已经沦丧中拯救国家政权，像如今这样盛大的。
朕以寡昧，遭家不造，越自遘闵，属当屯极。逆臣桓玄，乘衅纵慝，穷凶恣虐，滔天猾夏。遂诬罔人神，肆其篡乱。祖宗之基既湮，七庙之飨胥殄，若坠渊谷，未足斯譬。
我以寡德愚昧之身，遭遇家庭不幸，自从遭遇忧患，正处在极度艰难之时。逆臣桓玄，趁机放纵邪恶，穷凶极恶，肆虐无度，罪恶滔天，扰乱华夏。于是欺骗人神，肆意篡位作乱。祖宗基业已被湮没，七庙祭祀全都断绝，即使坠入深渊峡谷，也不足以比喻这种惨状。
皇度有晋，天纵英哲，使持节、都督扬徐兖豫青冀幽并江九州诸军事、镇军将军、徐青二州刺史，忠诚天亮，神武命世，用能贞明协契，义夫响臻。故顺声一唱，二溟卷波，英风振路，宸居清翳。暨冠军将军毅、辅国将军无忌、振武将军道规，舟旗遄迈，而元凶传首，回戈叠挥，则荆、汉雾廓。俾宣、元之祚，永固于嵩、岱，倾基重造，再集于朕躬。宗庙歆七百之祜，皇基融载新之命。念功惟德，永言铭怀。固已道冠开辟，独绝终古，书契以来，未之前闻矣。虽则功高靡尚，理至难文，而崇庸命德，哲王攸先者，将以弘道制治，深关盛衰。故伊、望膺殊命之锡，桓、文飨备物之礼，况宏征不世，顾邈百代者，宜极名器之隆，以光大国之盛。而镇军谦虚自衷，诚旨屡显，朕重逆仲父，乃所以愈彰德美也。镇军可进位侍中、车骑将军、都督中外诸军事，使持节、徐、青二州刺史如故。显祚大邦，启兹疆宇。
上天保佑晋朝，天纵英才明哲，使持节、都督扬徐兖豫青冀幽并江九州诸军事、镇军将军、徐青二州刺史，忠诚如天光明亮，神武盖世，因此能贞明协和，义士响应而来。所以顺应呼声一唱，四海波涛平息，英风振起道路，皇宫清除阴翳。等到冠军将军刘毅、辅国将军何无忌、振武将军刘道规，船旗迅速前进，而元凶首级传来，回戈多次挥舞，则荆州、汉水一带云雾消散。使得宣帝、元帝的基业，永远稳固于嵩山、泰山，倾覆的基业重新建造，再次集中于我身上。宗庙享受七百年的福佑，皇基融合焕然一新的命运。念及功劳和德行，永远铭记于心。这确实已经超越开天辟地，独绝千古，自文字记载以来，从未听说过。虽然功高无比，道理至深难以表述，但推崇功业、任命有德之人，是圣明君主优先做的事，将用以弘扬大道、治理国家，深刻关系到盛衰。所以伊尹、吕望接受特殊恩赐的赏赐，齐桓公、晋文公享受完备的礼仪，何况宏大的征伐前所未有，远超过百代，应当极尽名位器物的尊崇，以光大国家的盛大。而镇军将军谦虚发自内心，真诚意旨多次显现，我难以违背仲父的心意，这反而更加彰显其德行美好。镇军将军可进位侍中、车骑将军、都督中外诸军事，使持节、徐、青二州刺史如故。显赫地赐予大邦，开启这片疆土。
高祖固让。加录尚书事，又不受，屡请归藩。天子不许，遣百僚敦劝，又亲幸公第。高祖惶惧诣阙陈请，天子不能夺。是月，旋镇丹徒。天子重遣大使敦劝，又不受。乃改授都督荆、司、梁、益、宁、雍、凉七州，并前十六州诸军事，本官如故。于是受命解青州，加领兖州刺史。
高祖坚决推辞。加授录尚书事，又不接受，多次请求返回藩镇。天子不允许，派遣百官敦促劝勉，又亲自驾临高祖府第。高祖惶恐地到朝廷陈述请求，天子无法改变他的心意。这个月，高祖返回镇守丹徒。天子再次派遣大使敦促劝勉，又不接受。于是改授都督荆、司、梁、益、宁、雍、凉七州，加上之前的共十六州诸军事，本官如故。于是接受任命，解除青州刺史，加领兖州刺史。
二年三月，督交、广二州。十月，高祖上言曰：「昔天祸皇室，巨狡纵篡，臣等义惟旧隶，豫蒙国恩，仰契信顺之符，俯厉人臣之愤，虽社稷之灵，抑亦事由众济。其翼奖忠懃之佐，文武毕力之士，敷执在己之谦，用亏国体之大。辄申摄众军先上，[19]同谋起义，始平京口、广陵二城，臣及抚军将军毅等二百七十二人，并后赴义出都缘道大战，所余一千五百六十六人，又辅国将军长民、故给事中王元德等十人，合一千八百四十八人，乞正封赏。其西征众军，须论集续上。」于是尚书奏封唱义谋主镇军将军裕豫章郡公，食邑万户，赐绢三万匹。其余封赏各有差。镇军府佐吏，降故太傅谢安府一等。
义熙二年三月，高祖都督交、广二州。十月，高祖上言说：“从前上天降祸皇室，大奸贼肆意篡位，我们臣子义属旧部，预先蒙受国恩，上合诚信顺应的征兆，下励人臣的愤慨，虽然依靠社稷神灵，但也事成于众人协力。那些辅佐忠诚勤勉的臣子、文武竭尽全力之士，因秉持自身的谦逊，有损国家体面的大局。我擅自统率众军先行上报，共同谋划起义，最初平定京口、广陵二城，我和抚军将军刘毅等二百七十二人，以及后来赴义出都城沿途大战，剩下的一千五百六十六人，还有辅国将军诸葛长民、已故给事中王元德等十人，合计一千八百四十八人，请求正式封赏。那些西征的众军，须等论定汇集后陆续上报。”于是尚书奏请封倡议起义的谋主镇军将军刘裕为豫章郡公，食邑万户，赐绢三万匹。其余封赏各有差别。镇军府的佐吏，比已故太傅谢安的府第降低一等。
三年二月，高祖还京师，将诣廷尉，天子先诏狱官不得受，诣阙陈让，乃见听。旋于丹徒。
义熙三年二月，高祖返回京师，准备到廷尉那里，天子事先下诏狱官不得受理，高祖到朝廷陈述推让，于是被允许。随即返回丹徒。
闰月，府将骆冰谋作乱，将被执，单骑走，追斩之。诛冰父永嘉太守球。球本东阳郡史，孙恩之乱，起义于长山，故见擢用。初桓玄之败，以桓冲忠贞，署其孙胤。至是冰谋以胤为主，与东阳太守殷仲文潜相连结。乃诛仲文及仲文二弟。凡桓玄余党，至是皆诛夷。
闰月，府将骆冰图谋作乱，即将被逮捕，单人骑马逃跑，被追上斩杀。诛杀骆冰的父亲永嘉太守骆球。骆球本是东阳郡吏，孙恩之乱时，在长山起义，因此被提拔任用。当初桓玄失败时，因桓冲忠贞，任命其孙桓胤为官。到这时骆冰图谋以桓胤为主，与东阳太守殷仲文暗中勾结。于是诛杀殷仲文及殷仲文的两个弟弟。所有桓玄的余党，到这时都被诛灭。
天子遣兼太常葛籍授公策曰：「有扈滔天，夷羿乘衅，乱节干纪，实桡皇极。贼臣桓玄，怙宠肆逆，乃摧倾华、霍，倒拔嵩、岱，五岳既夷，六地易所。公命世英纵，藏器待时，因心资敬，誓雪国耻，慨愤陵夷，诚发宵寐。既而岁月屡迁，神器已远，忠孝幽寄，实贯三灵。尔乃介石胜机，宣契毕举，诉苍天以为正，挥义旅而一驱。奔锋数百，势烈激电，百万不能抗限，制路日直植城。[20]遂使冲鲸溃流，暴鳞江汉，庙胜远加，重氛载涤，二仪廓清，三光反照，事遂永代，功高开辟，理微称谓，义感朕心。若夫道为身济，犹縻厥爵，况乃诚德俱深，勋冠天人者乎。是用建兹邦国，永祚山河，言念载怀，匪云足报。往钦哉！俾屏余一人，长弼皇晋，流风垂祚，晖烈无穷。其降承嘉策，对敭朕命。」
天子派遣兼太常葛籍授予高祖策命说：“有扈氏罪恶滔天，后羿乘机作乱，扰乱法度、干犯纲纪，确实动摇皇权。贼臣桓玄，依仗宠幸肆意叛逆，竟摧折倾覆华山、霍山，倒拔嵩山、泰山，五岳已被夷平，六地改变位置。公是命世英才，藏器待时，因心而资敬，誓雪国耻，慨叹愤恨于衰败，诚心发于夜寐。此后岁月屡迁，皇权已远，忠孝之心暗中寄托，实在贯通三灵。于是把握时机，宣示盟约全部举事，诉告苍天以为正道，挥动义旅而一往直前。冲锋数百次，势烈如激电，百万之众不能阻挡，制胜之路直指城池。于是使冲鲸溃流，暴鳞于江汉，庙堂胜算远加，重雾被涤荡，天地廓清，日月星三光返照，事业成就于永代，功高超过开天辟地，道理微妙难以称谓，义气感动我心。至于道义能自身成就，尚且系以爵位，何况诚心与德行都深厚，功勋冠绝天人呢。因此建立这个邦国，永赐山河，言念及此，心怀感念，不能说足以回报。前往敬受吧！使我一人得以屏护，长久辅佐皇晋，流风垂祚，光辉烈烈无穷。请降受嘉策，应对宣扬我的命令。”
义熙四年正月，征召高祖入朝辅政，授侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书，徐兖二州刺史如故。上表请求解除兖州刺史。此前派遣冠军将军刘敬宣讨伐蜀贼谯纵，无功而返。九月，因刘敬宣挫败退兵，高祖请求逊位，不被允许。于是降为中军将军，开府如故。
初伪燕王鲜卑慕容德僭号于青州，德死，兄子超袭位，前后屡为边患。
当初伪燕王鲜卑慕容德在青州僭越称帝，慕容德死后，其兄之子慕容超继位，前后多次成为边境祸患。
五年二月，大掠淮北，执阳平太守刘千载、济南太守赵元，驱略千余家。三月，公抗表北讨，以丹阳尹孟昶监中军留府事。四月，舟师发京都，溯淮入泗。五月，至下邳，留船舰辎重，步军进琅邪。所过皆筑城留守。鲜卑梁父、莒城二戍并奔走。
义熙五年二月，慕容超大肆掠夺淮北，俘获阳平太守刘千载、济南太守赵元，驱掠一千多家。三月，高祖上表坚决北伐，以丹阳尹孟昶监中军留府事。四月，水军从京都出发，溯淮河进入泗水。五月，到达下邳，留下船舰辎重，步兵进军琅邪。所过之处都筑城留守。鲜卑的梁父、莒城两处戍守都逃跑了。
慕容超闻王师将至，其大将公孙五楼说超：「宜断据大岘，刈除粟苗，坚壁清野以待之。彼侨军无资，求战不得，旬月之间，折棰以笞之耳。」超不从，曰：「彼远来疲劳，势不能久，但当引令过岘，我以铁骑践之，不忧不破也。岂有预芟苗稼，先自䠞弱邪。」初公将行，议者以为贼闻大军远出，必不敢战，若不断大岘，当坚守广固，刈粟清野，以绝三军之资，非唯难以有功，将不能自反。公曰：「我揣之熟矣。鲜卑贪，[21]不及远计，进利克获，退惜粟苗。谓我孤军远入，不能持久，不过进据临朐，退守广固。我一得入岘，则人无退心，驱必死之众，向怀贰之虏，何忧不克。彼不能清野固守，为诸君保之。」公既入岘，举手指天曰：「吾事济矣！」
慕容超听说王师将至，其大将公孙五楼劝说慕容超：“应当扼守大岘山，割掉粟苗，坚壁清野以等待他们。他们客军没有物资，求战不得，十天半月之间，用短棍就能鞭打他们。”慕容超不听从，说：“他们远来疲劳，势必不能持久，只应引他们过岘山，我用铁骑践踏他们，不愁不能击破。哪有预先割掉庄稼，先自削弱自己的道理。”当初高祖将要出发，议论者认为贼人听说大军远出，必不敢迎战，如果不扼守大岘山，就会坚守广固，割粟清野，以断绝三军的物资，不仅难以成功，还将不能自返。高祖说：“我揣摩得很透彻了。鲜卑贪婪，没有长远计谋，前进时贪图胜利，后退时吝惜粟苗。认为我孤军深入，不能持久，不过前进占据临朐，后退守卫广固。我一得进入岘山，则人无退心，驱使必死之众，面对怀有二心的敌人，何忧不能攻克。他们不能清野固守，我为诸位保证。”高祖进入岘山后，举手指天说：“我的事成功了！”
六月，慕容超遣五楼及广宁王贺赖卢先据临朐城。既闻大军至，留羸老守广固，乃悉出。临朐有巨蔑水，去城四十里。超告五楼曰：「急往据之，晋军得水，则难击也。」五楼驰进。龙骧将军孟龙符领骑居前，奔往争之，五楼乃退。
六月，慕容超派遣公孙五楼及广宁王贺赖卢先占据临朐城。听说大军到来后，留下老弱守广固，于是全部出动。临朐有巨蔑水，离城四十里。慕容超告诉公孙五楼说：“赶快去占据它，晋军得到水，就难以攻击了。”公孙五楼驰马前进。龙骧将军孟龙符率领骑兵在前，奔往争夺，公孙五楼于是退却。
众军步进，有车四千两，分车为两翼，方轨徐行，车悉张幔，御者执矟。又以轻骑为游军。军令严肃，行伍齐整。未及临朐数里，贼铁骑万余，前后交至。公命兖州刺史刘藩、弟并州刺史道怜、咨议参军刘敬宣、陶延寿、参军刘怀玉、慎仲道、索邈等，齐力击之。日向昃，公遣咨议参军檀韶直趋临朐。诏率建威将军向弥、参军胡藩驰往，即日陷城，斩其牙旗，悉虏超辎重。超闻临朐已拔，引众走，公亲鼓之，贼乃大奔。超遁还广固。获超马、伪辇、玉玺、豹尾等，送于京师。斩其大将段晖等十余人，其余斩获千计。
众军步行前进，有战车四千辆，分车为两翼，两车并行缓慢行进，车都张设帷幔，御者手持长矛。又用轻骑兵作为游军。军令严肃，行伍整齐。还未到临朐数里，贼人铁骑万余，前后交相到来。高祖命令兖州刺史刘藩、弟并州刺史刘道怜、咨议参军刘敬宣、陶延寿、参军刘怀玉、慎仲道、索邈等，合力攻击。天色将晚，高祖派遣咨议参军檀韶直趋临朐。檀韶率领建威将军向弥、参军胡藩驰马前往，当天攻陷城池，斩断其牙旗，全部俘获慕容超的辎重。慕容超听说临朐已被攻拔，率众逃跑，高祖亲自击鼓，贼人于是大败奔逃。慕容超逃回广固。缴获慕容超的马、伪辇、玉玺、豹尾等，送往京师。斩杀其大将段晖等十余人，其余斩杀俘获数以千计。
明日，大军进广固，即屠大城，超退保小城。于是设长围守之，围高三丈，外穿三重堑。停江、淮转输，馆谷于齐土。抚纳降附，华戎欢悦，援才授爵，因而任之。七月，诏加公北青、冀二州刺史。超大将垣遵、遵弟苗并率众归顺。公方治攻具，城上人曰：「汝不得张纲，何能为也。」纲者，超伪尚书郎，其人有巧思。会超遣纲称藩于姚兴，乞师请救。兴伪许之，而实惮公，不敢遣。纲从长安还，泰山太守申宣执送之。及升纲于楼车，[22]以示城内，城内莫不失色。于是使纲大治攻具。超求救不获，纲反见虏，转忧惧。乃请称藩，求割大岘为界，献马千疋。不听，围之转急。河北居民荷戈负粮至者，日以千数。
第二天，大军进逼广固，随即攻破大城，慕容超退保小城。于是设置长围防守，围墙高三丈，外面挖三重壕沟。停止江淮的转运，在齐地就地取食。安抚接纳投降归附者，汉族和少数民族都欢悦，选拔人才授予爵位，因而任用他们。七月，下诏加授高祖北青、冀二州刺史。慕容超的大将垣遵、垣遵的弟弟垣苗都率众归顺。高祖正在制造攻城器具，城上的人说：“你得不到张纲，能做什么呢？”张纲是慕容超的伪尚书郎，此人富有巧思。恰逢慕容超派遣张纲向后秦姚兴称藩，请求出兵救援。姚兴假装答应，而实际上畏惧高祖，不敢派遣。张纲从长安返回，泰山太守申宣逮捕并送交高祖。等到把张纲升上楼车，展示给城内，城内的人无不失色。于是让张纲大造攻城器具。慕容超求救不得，张纲反而被俘，转而忧惧。于是请求称藩，要求割让大岘山为界，献马千匹。高祖不听从，围城更加紧急。河北居民扛着武器、背着粮食到来的人，每天数以千计。
录事参军刘穆之，有经略才具，公以为谋主，动止必咨焉。时姚兴遣使告公云：「慕容见与隣好，又以穷告急，今当遣铁骑十万，迳据洛阳。晋军若不退者，便当遣铁骑长驱而进。」公呼兴使答曰：「语汝姚兴，我定燕之后，息甲三年，当平关、洛。今能自送，便可速来。」穆之闻有羌使，驰入，而公发遣已去。以兴所言并答，具语穆之。穆之尤公曰：「常日事无大小，必赐与谋之。此宜善详之，云何卒尔便答。公所答兴言，未能威敌，正足怒彼耳。若燕未可拔，羌救奄至，不审何以待之？」公笑曰：「此是兵机，非卿所解，故不语耳。夫兵贵神速，彼若审能遣救，必畏我知，宁容先遣信命。此是其见我伐燕，内已怀惧，自张之辞耳。」
录事参军刘穆之，有经略才能，高祖以他为谋主，行动必咨询他。当时姚兴派遣使者告诉高祖说：“慕容氏与我相邻友好，又因穷困告急，如今当派遣铁骑十万，直接占据洛阳。晋军若不撤退，便当派遣铁骑长驱直进。”高祖召见姚兴的使者回答说：“告诉你的姚兴，我平定燕国之后，休兵三年，当平定关、洛。如今能自己送上门来，便可速来。”刘穆之听说有羌人使者，驰马入见，而高祖已打发使者离去。将姚兴所说的话和回答，全部告诉刘穆之。刘穆之责怪高祖说：“平常事无大小，必定赐予谋划。此事应好好详议，为何仓促便回答。您回答姚兴的话，不能威慑敌人，正足以激怒他们罢了。如果燕国未能攻拔，羌人救兵突然到来，不知如何应对？”高祖笑着说：“这是兵机，非你所能理解，所以没有告诉你。兵贵神速，他们如果真能派遣救兵，必定怕我知道，岂容先派信使。这是他们见我伐燕，内心已怀恐惧，自我夸大之辞罢了。”
九月，进公太尉、中书监，固让。
九月，晋升刘裕为太尉、中书监，他坚决推辞。
张纲治攻具成，设诸奇巧，飞楼木幔之属，莫不毕备。城上火石弓矢，无所用之。
张纲制造攻城器械完成，设置了各种奇巧的装置，如飞楼、木幔之类，无不齐备。城上的火石、弓箭，都无法使用。
六年二月丁亥，屠广固。超逾城走，征虏贼曹乔胥获之，杀其王公以下，[24]纳口万余，马二千疋，送超京师，斩于建康市。
义熙六年二月丁亥日，攻破广固城并进行屠城。慕容超越城逃跑，被征虏贼曹乔胥抓获，杀死其王公以下官员，收降人口一万多，马二千匹，将慕容超押送到京师，在建康市斩首。
公之北伐也，徐道覆仍有窥窬之志，劝卢循乘虚而出，循不从。道覆乃至番禺说循曰：「本住岭外，岂以理极于此，正以刘公难与为敌故也。今方顿兵坚城之下，[25]未有旋日。以此思归死士，掩袭何、刘之徒，如反掌耳。不乘此机而保一日之安，若平齐之后，小息甲养众，不过一二年间，必玺书征君。若刘公自率众至豫章，遣锐师过岭，虽复将军神武，恐必不能当也。今日之机，万不可失。既克都邑，倾其根本，刘公虽还，无能为也。」循从之，乃率众过岭。是月，寇南康、庐陵、豫章，诸郡守皆委任奔走。于时平齐问未至，即驰使征公。公之初克齐也，欲停镇下邳，清荡河、洛，既而被征使至，即日班师。
刘裕北伐时，徐道覆仍有觊觎之心，劝卢循乘虚出击，卢循不听。徐道覆于是到番禺游说卢循说：“我们本来住在岭外，难道是因为理当如此吗？正是因为刘公难以对抗。现在他正屯兵于坚固的城池之下，没有回师的日子。用这些思归的敢死之士，偷袭何无忌、刘毅之流，易如反掌。不趁此机会而贪图一时的安宁，如果平定齐地之后，稍作休整，不过一两年，必定下诏征召您。如果刘公亲自率军到豫章，派精锐部队过岭，即使将军神武，恐怕也难以抵挡。今日的时机，千万不可错过。一旦攻克都城，倾覆他的根本，刘公即使回来，也无能为力了。”卢循听从了他，于是率军过岭。这个月，侵犯南康、庐陵、豫章，各郡守都弃城逃跑。当时平定齐地的消息还未传到，朝廷就派使者紧急征召刘裕。刘裕刚攻克齐地时，本想停驻下邳，扫清河、洛一带，不久被征召的使者到来，当天就班师回朝。
镇南将军何无忌与徐道覆战于豫章，败绩，无忌被害。内外震骇。朝廷欲奉乘舆北走就公，寻知贼定未至，人情小安。公至下邳，以船运辎重，自率精锐步归。至山阳，闻无忌被害，则虑京邑失守，乃卷甲兼行，与数十人至淮上，问行旅以朝廷消息。人曰：「贼尚未至，刘公若还，便无所忧也。」公大喜，单船过江，迳至京口，众乃大安。四月癸未，公至京师，解严息甲。
镇南将军何无忌与徐道覆在豫章交战，战败，何无忌被杀。朝廷内外震惊恐惧。朝廷想护送皇帝乘舆北上去投奔刘裕，不久得知贼军尚未到来，人心才稍微安定。刘裕到达下邳，用船只运送辎重，自己率领精锐步兵返回。到达山阳时，听说何无忌被杀，便担心京城失守，于是卷起铠甲日夜兼程，与数十人到达淮河边，向行人打听朝廷的消息。有人说：“贼军还没到，刘公如果回来，就没什么可担忧的了。”刘裕大喜，乘一条船渡过长江，径直到达京口，众人才大为安心。四月癸未日，刘裕到达京师，解除戒严，停止军事行动。
抚军将军刘毅抗表南征，公与毅书曰：「吾往习击妖贼，晓其变态，新获奸利，其锋不可轻。宜须装严毕，与弟同举。」又遣毅从弟藩往止之。毅不从，舟师二万，发自姑孰。循之初下也，使道覆向寻阳，自寇湘中诸郡。荆州刺史道规遣军至长沙，为循所败。迳至巴陵，将向江陵。道覆闻毅上，驰使报循曰：「毅兵众甚盛，成败事系之于此，宜并力摧之。若此克捷，天下无复事矣。根本既定，不忧上面不平也。」循即日发巴陵，与道覆连旗而下。别有八艚舰九枚，起四层，高十二丈。公以南藩覆没，表送章绶，诏不听。五月，刘毅败绩于桑落洲，弃船步走，余众不得去者，皆为贼所擒。
抚军将军刘毅上表请求南征，刘裕写信给刘毅说：“我以前曾讨伐妖贼，了解他们的变化多端，他们刚获得奸利，锋芒不可轻视。应该等装备完毕，再与弟一同行动。”又派刘毅的堂弟刘藩去劝阻他。刘毅不听，率水军二万，从姑孰出发。卢循当初南下时，派徐道覆进攻寻阳，自己则侵犯湘中各郡。荆州刺史刘道规派军到长沙，被卢循击败。卢循径直到达巴陵，准备进攻江陵。徐道覆听说刘毅北上，派使者飞报卢循说：“刘毅兵力很盛，成败的关键在此一战，应该合力击败他。如果此战得胜，天下就没有事了。根本稳固后，不愁上游不平定。”卢循当天从巴陵出发，与徐道覆连旗而下。另有八艚舰九艘，起四层，高十二丈。刘裕因南方藩镇覆没，上表送还印绶，皇帝下诏不准。五月，刘毅在桑落洲战败，弃船步行逃跑，其余未能逃脱的士兵，都被贼军俘虏。
初循至寻阳，闻公已还，不信也。既破毅，乃审凯入之问，并相视失色。循欲退还寻阳，进平江陵，据二州以抗朝廷。道覆谓宜乘胜径进，固争之。疑议多日，乃见从。
当初卢循到达寻阳时，听说刘裕已经回来，不相信。击败刘毅后，才确认刘裕凯旋的消息，众人相视失色。卢循想退回寻阳，再进取江陵，占据二州来对抗朝廷。徐道覆认为应该乘胜直接进军，坚决争论。犹豫商议多日，卢循才听从。
毅败问至，内外汹扰。于时北师始还，多创痍疾病。京师战士，不盈数千。贼既破江、豫二镇，战士十余万，舟车百里不绝。奔败还者，并声其雄盛。孟昶、诸葛长民惧寇渐逼，欲拥天子过江，公不听，昶固请不止。公曰：「今重镇外倾，强寇内逼，人情危骇，莫有固志。若一旦迁动，便自瓦解土崩，江北亦岂可得至！设令得至，不过延日月耳。今兵士虽少，自足以一战。若其克济，则臣主同休；苟厄运必至，我当以死衞社稷，横尸庙门，遂其由来以身许国之志，不能远窜于草间求活也。我计决矣，卿勿复言！」昶恐其不济，乃为表曰：「臣裕北讨，众并不同，唯臣赞裕行计，致使强贼乘间，社稷危逼，臣之罪也。今谨引分以谢天下。」封表毕，乃仰药而死。
刘毅战败的消息传来，朝廷内外骚动不安。当时北征的军队刚回来，大多有创伤和疾病。京师的战士，不足几千人。贼军已经攻破江、豫二镇，战士十余万，舟车连绵百里不绝。败逃回来的人，都宣扬贼军的强盛。孟昶、诸葛长民害怕贼军逐渐逼近，想护送天子过江，刘裕不同意，孟昶坚持请求不止。刘裕说：“现在重镇在外倾覆，强敌在内逼近，人心危惧，没有坚定的意志。如果一旦迁都，就会自行土崩瓦解，江北又怎能到达！即使能到达，也不过是拖延时间罢了。现在士兵虽少，但足以一战。如果能够成功，则君臣同享安乐；如果厄运必然到来，我当以死保卫社稷，横尸庙门，实现我以身许国的志向，不能远逃到草野中求活。我的主意已定，你不要再说了！”孟昶担心不能成功，于是上表说：“臣刘裕北伐，众人都不赞同，只有臣赞成刘裕的计策，致使强敌乘机而入，社稷危逼，这是臣的罪过。现在谨请引咎以谢天下。”封好表文后，便服毒而死。
于是大开赏募，投身赴义者，一同登京城之科。发居民治石头城，建牙戒严。时议者谓宜分兵守诸津要。公以为：「贼众我寡，若分兵屯，则人测虚实。且一处失利，则沮三军之心。今聚众石头，随宜应赴，既令贼无以测多少，又于众力不分。若徒旅转集，徐更论之耳。」移屯石头，乃栅淮断查浦。既而群贼大至，公策之曰：「贼若于新亭直进，其锋不可当，宜且回避，胜负之事，未可量也。若回泊西岸，此成擒耳。」
于是大力悬赏招募，投奔起义的人，都按照登城立功的赏格对待。征发居民修筑石头城，建立军旗，实行戒严。当时议论的人认为应该分兵把守各渡口要道。刘裕认为：“贼众我寡，如果分兵屯守，就会让人摸清虚实。而且一处失利，就会挫伤三军的士气。现在集中兵力在石头城，根据情况应对，既让贼军无法测知我军多少，又使兵力不分散。如果后续部队逐渐集结，再慢慢商议。”于是移师屯驻石头城，并在秦淮河上设置栅栏，阻断查浦。不久贼军大举到来，刘裕分析说：“贼军如果从新亭直进，其锋芒不可抵挡，应该暂且回避，胜负难以预料。如果回泊西岸，这就成了瓮中之鳖。”
道覆欲自新亭、白石焚舟而上。循多疑少决，每欲以万全为虑，谓道覆曰：「大军未至，孟昶便望风自裁，大势言之，自当计日溃乱。今决胜负于一朝，既非必定之道，且杀伤士卒，不如按兵待之。」公于时登石头城以望循军，初见引向新亭，公顾左右失色。既而回泊蔡洲。道覆犹欲上，循禁之。自是众军转集，修治越城，筑查浦、药园、廷尉三垒，皆守以实众。冠军将军刘敬宣屯北郊，辅国将军孟怀玉屯丹阳郡西，建武将军王仲德屯越城，广武将军刘怀默屯建阳门外。[26]使宁朔将军索邈领鲜卑具装虎班突骑千余匹，皆被练五色，自淮北至于新亭。贼并聚观，咸畏惮之；然犹冀京邑及三吴有应之者。遣十余舰来拔石头栅，公命神弩射之，发辄摧陷，循乃止不复攻栅。设伏兵于南岸，使羸老悉乘舟舰向白石。公忧其从白石步上，乃率刘毅、诸葛长民北出拒之，留参军徐赤特戍南岸，命坚守勿动。公既去，贼焚查浦步上，赤特军战败，死没有百余人。赤特弃余众，单舸济淮。贼遂率数万屯丹阳郡。公率诸军驰归。众忧贼过，咸谓公当径还拒战。公先分军还石头，众莫之晓。解甲息士，洗浴饮食之，乃出列陈于南塘。以赤特违处分，斩之。命参军褚叔度、朱龄石率劲勇千余人过淮。[27]群贼数千，皆长刀矛鋋，精甲曜日，奋跃争进。龄石所领多鲜卑，善步矟，并结陈以待之。贼短兵弗能抗，死伤者数百人，乃退走。会日莫，众亦归。
徐道覆想从新亭、白石烧船登陆。卢循多疑少决断，总想以万全为考虑，对徐道覆说：“大军未到，孟昶就望风自杀，从大势来看，自然计日可待其溃乱。现在决胜负于一时，既不是必胜之道，而且杀伤士卒，不如按兵不动等待时机。”刘裕当时登上石头城观望卢循的军队，起初看到他们引兵向新亭，刘裕环顾左右，脸色大变。不久贼军回泊蔡洲。徐道覆还想登陆，卢循阻止了他。从此各路军队逐渐集结，修治越城，修筑查浦、药园、廷尉三座营垒，都派重兵防守。冠军将军刘敬宣屯驻北郊，辅国将军孟怀玉屯驻丹阳郡西，建武将军王仲德屯驻越城，广武将军刘怀默屯驻建阳门外。派宁朔将军索邈率领鲜卑具装虎斑突骑一千多匹，都披着五色铠甲，从淮北到新亭。贼军都聚拢观看，十分畏惧；但还希望京城和三吴有人响应。派了十多艘船来拔除石头城的栅栏，刘裕命令神弩手射击，每发必中，贼船都被摧毁，卢循于是停止进攻栅栏。在南岸设下伏兵，派老弱士兵都乘船向白石进发。刘裕担心他们从白石登陆，于是率领刘毅、诸葛长民北出迎击，留下参军徐赤特戍守南岸，命令他坚守不动。刘裕离开后，贼军焚烧查浦登陆，徐赤特的军队战败，死了一百多人。徐赤特抛弃余众，乘一条船渡过秦淮河。贼军于是率数万人屯驻丹阳郡。刘裕率各军急速返回。众人担心贼军过河，都说刘裕应该直接回去迎战。刘裕先分兵回石头城，众人都不明白。他让士兵解甲休息，洗浴饮食，然后才出阵于南塘。因为徐赤特违抗命令，将他斩首。命令参军褚叔度、朱龄石率领精锐一千多人过秦淮河。数千贼军，都持长刀矛鋋，精甲耀日，奋勇争先。朱龄石所率领的多是鲜卑人，善于使用步槊，都结阵以待。贼军短兵器无法对抗，死伤数百人，于是退走。恰逢天黑，众军也撤回。
刘毅之败，豫州主簿袁兴国反叛，据历阳以应贼。琅邪内史魏顺之遣将谢宝讨斩之。兴国司马袭宝，顺之不救而退，公怒斩之。顺之，咏之之弟也。于是功臣震慑，莫敢不用命。
刘毅战败后，豫州主簿袁兴国反叛，占据历阳响应贼军。琅邪内史魏顺之派将领谢宝讨伐并斩杀了他。袁兴国的司马袭击谢宝，魏顺之不去救援反而撤退，刘裕发怒将他斩首。魏顺之是魏咏之的弟弟。于是功臣们震慑，没有人敢不听从命令。
六月，再次授予刘裕太尉、中书监，加赐黄钺。他接受了黄钺，其余坚决推辞。任命司马庾悦为建威将军、江州刺史，从东阳出兵豫章。
七月庚申，群贼自蔡洲南走，还屯寻阳。遣辅国将军王仲德、广川太守刘钟、河间太守蒯恩追之。公还东府，大治水军，皆大舰重楼，高者十余丈。卢循遣其大将荀林寇江陵，[28]桓谦先于江陵奔羌，又自羌入蜀，伪主谯纵以为荆州刺史。谦及谯道福率军二万，出寇江陵，适与林会，相去百余里。荆州刺史道规斩谦于枝江，破林于江津，追至竹町斩之。
七月庚申日，贼军从蔡洲向南撤退，回屯寻阳。刘裕派辅国将军王仲德、广川太守刘钟、河间太守蒯恩追击。刘裕返回东府，大力整顿水军，都建造大舰重楼，高的有十余丈。卢循派其大将荀林侵犯江陵，桓谦先前从江陵逃奔后秦，又从后秦进入蜀地，伪主谯纵任命他为荆州刺史。桓谦和谯道福率军二万，出兵侵犯江陵，恰好与荀林会合，相距百余里。荆州刺史刘道规在枝江斩杀桓谦，在江津击败荀林，追到竹町斩杀了他。
初循之走也，公知其必寇江陵，登遣淮陵内史索邈领马军步道援荆州。又遣建威将军孙季高率众三千，自海道袭番禺。江州刺史庾悦至五亩峤，贼遣千余人据断峤道，悦前驱鄱阳太守虞丘进攻破之。公治兵大办。十月，率兖州刺史刘藩、宁朔将军檀韶等舟师南伐。以后将军刘毅监太尉留守府，后事皆委焉。
当初卢循逃跑时，刘裕知道他必定会侵犯江陵，立即派淮陵内史索邈率领骑兵从陆路增援荆州。又派建威将军孙季高率众三千，从海路袭击番禺。江州刺史庾悦到达五亩峤，贼军派千余人据守阻断峤道，庾悦的前锋鄱阳太守虞丘进攻破敌军。刘裕大规模整军备战。十月，率领兖州刺史刘藩、宁朔将军檀韶等水军南征。任命后将军刘毅监太尉留守府，后方事务都委托给他。
这个月，徐道覆率众三万侵犯江陵。荆州刺史刘道规又大败他，斩首一万多级，徐道覆逃回盆口。当初刘裕派索邈时，索邈在路上被贼军阻断，直到徐道覆战败后才到达。自从卢循东下，江陵与京城的联系断绝，传言都说刘道规已死。等到索邈到达，才知道卢循已败走。
循初自蔡洲南走，留其亲党范崇民五千人，高舰百余，戍南陵。王仲德等闻大军且至，乃进攻之。十一月，大破崇民军，焚其舟舰，收其散卒。
卢循当初从蔡洲南逃时，留下其亲信范崇民五千人，高大战船百余艘，戍守南陵。王仲德等听说大军即将到来，于是进攻他们。十一月，大败范崇民的军队，焚烧其战船，收编其散兵。
循广州守兵，不以海道为防。是月，建威将军孙季高乘海奄至，而城池峻整，兵犹数千。季高焚贼舟舰，悉力而上，四面攻之，即日屠其城。循父以轻舟奔始兴。季高抚其旧民，戮其亲党，勒兵谨守。初公之遣季高也，众咸以海道艰远，必至为难；且分撤见力，二三非要。公不从。敕季高曰：「大军十二月之交，必破妖虏。卿今时当至广州，倾其巢窟，令贼奔走之日，无所归投。」季高受命而行，如期克捷。
卢循在广州的守兵，没有防备海路。这个月，建威将军孙季高乘海船突然到达，而广州城池险峻整齐，守兵还有数千人。孙季高焚烧贼军战船，全力进攻，四面围攻，当天就攻破并屠城。卢循的父亲乘轻舟逃往始兴。孙季高安抚当地旧民，诛杀其亲信党羽，整军严守。当初刘裕派孙季高时，众人都认为海路艰险遥远，必定难以到达；而且分散现有兵力，并非紧要之事。刘裕不听。他命令孙季高说：“大军在十二月之交，必能击破妖贼。你届时应当到达广州，倾覆其巢穴，让贼军逃窜之日，无处可投。”孙季高受命而行，如期取得胜利。
循方治兵旅舟舰，设诸攻备。公欲御以长算，乃屯军雷池。贼扬声不攻雷池，当乘流迳下。公知其欲战，且虑贼战败，或于京江入海，遣王仲德以水舰二百于吉阳下断之。十二月，循、道覆率众数万，方舰而下，前后相抗，莫见舳舻之际。公悉出轻利鬭舰，躬提幡鼓，命众军齐力击之。又上步骑于西岸。右军参军庾乐生乘舰不进，斩而徇之。于是众军并踊腾争先。军中多万钧神弩，所至莫不摧陷。公中流蹙之，因风水之势，贼舰悉泊西岸。岸上军先备火具，[29]乃投火焚之，烟爓张天，贼众大败，追奔至夜乃归。循等还寻阳。初分遣步军，莫不疑怪，及烧贼舰，众乃悦服。召王仲德，请还为前驱。留辅国将军孟怀玉守雷池。循闻大军上，欲走向豫章，乃悉力栅断左里。大军至左里，将战，公所执麾竿折，折幡沈水，众并怪惧。公欢笑曰：「往年覆舟之战，幡竿亦折，今者复然，贼必破矣。」即攻栅而进。遁兵虽殊死战，弗能禁。诸军乘胜奔之，循单舸走。所杀及投水死，凡万余人。纳其降附，宥其逼略。遣刘藩、孟怀玉轻军追之。循收散卒，尚有数千人，迳还广州。道覆还保始兴。公旋自左里。天子遣侍中、黄门劳师于行所。
卢循正在整治军队和战船，设置各种进攻装备。武帝想用长远计策来抵御，于是驻军雷池。贼寇扬言不攻雷池，要顺流直下。武帝知道他们想决战，并且担心贼寇战败后，可能从京江入海，于是派王仲德率领二百艘水军在吉阳下游截断他们。十二月，卢循、徐道覆率领数万部众，乘着方舰顺流而下，前后相连，看不到船与船之间的空隙。武帝出动所有轻便快捷的战舰，亲自高举旗帜擂鼓，命令各军齐心协力攻击。又派步兵骑兵在西岸登陆。右军参军庾乐生乘舰不前，被斩首示众。于是各军都奋勇争先。军中多有万钧神弩，所到之处无不摧毁。武帝在江中逼攻他们，借助风和水势，贼寇的战船全部停泊在西岸。岸上的军队事先准备了火具，于是投火焚烧，烟焰冲天，贼寇大败，追击到夜里才回师。卢循等人退回寻阳。起初分派步兵时，没有人不疑惑，等到焚烧贼船后，众人才心悦诚服。武帝召回王仲德，请他回来担任前锋。留下辅国将军孟怀玉守卫雷池。卢循听说大军西上，想逃往豫章，于是全力设置栅栏阻断左里。大军到达左里，将要开战时，武帝所持的指挥旗竿折断，断旗沉入水中，众人都惊怪恐惧。武帝笑着说：“往年覆舟之战，旗竿也折断，如今又是这样，贼寇必败。”随即进攻栅栏前进。逃兵虽然拼死抵抗，也不能阻挡。各军乘胜追击，卢循乘单船逃走。被杀死和投水而死的人，共一万多人。武帝接纳投降归附的人，宽恕被逼迫裹挟的人。派刘藩、孟怀玉率轻兵追击。卢循收集散兵，还有数千人，直接返回广州。徐道覆退回保始兴。武帝从左里回师。天子派侍中、黄门到行营慰劳军队。
校勘记
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