列传第一百十一 盛应期 朱衡 潘季驯 万恭 吴桂芳 王宗沐 刘东星 徐贞明 ◄
列传第一百十一 盛应期 朱衡 潘季驯 万恭 吴桂芳 王宗沐 刘东星 徐贞明 ◄
卷二百二十四
卷二百二十四
列传第一百十二 严清 宋𫄸 陆光祖 孙鑨 陈有年 孙丕扬 蔡国珍 杨时乔
列传第一百十二 严清 宋𫄸 陆光祖 孙鑨 陈有年 孙丕扬 蔡国珍 杨时乔
○严清 宋𫄸 陆光祖 孙鑨子如法陈有年 孙丕扬 蔡国珍 杨时乔
○严清 宋𫄸 陆光祖 孙鑨（子如法）陈有年 孙丕扬 蔡国珍 杨时乔
严清，字公直，云南后卫人。嘉靖二十三年进士。除富顺知县。公廉恤民，治声大起。忧归，补邯郸。入为工部主事，历郎中。董作京师外城，修九陵，吏无所侵牟，工成加俸。连丁内外艰。服除，补兵部，擢保定知府。故事，岁籍民充京师库役，清罢之。振荒弭盗，人以比前守吴岳。历迁易州副使，陜西参政，四川按察使、右布政使。并以清望，荐章十余上。隆庆二年，以右佥都御史巡抚贵州。未上，改四川。清久宦川中，僚吏惮其风采，相率厉名行，少墨败者。郡县卒岁团操成都，清罢之。番人入贡，裁为定额。痛绝强宗悍吏，毁者亦众。陜西贼流入境，巡按御史王廷瞻劾清纵寇。大学士赵贞吉言：「贼起郧、陜，贻害川侥，即有罪，当罪守土臣，不宜专责巡抚。臣蜀人，深知清约己爱人，省事任怨。今蜀地岁荒民流，方倚清如父母，奈何弃之！任事臣欲为国家利小民，必得罪豪右。论者不察，动以深文求之。顷海瑞既去，若清复罢，是任事之臣皆不免弹击，惟全躯保位为得计矣。」疏奏，不允，命解官听调。清遂不出。
严清，字公直，云南后卫人。嘉靖二十三年考中进士。被任命为富顺知县。他公正廉洁，体恤百姓，治理的名声大起。因守丧回乡，后补任邯郸知县。入朝担任工部主事，历任郎中。负责督造京师外城，修建九陵，官吏没有侵吞牟利，工程完成后加俸。接连遭遇父母丧事。服丧期满，补任兵部，升任保定知府。按照旧例，每年登记百姓充当京师库役，严清废除了它。赈济灾荒，消除盗贼，人们把他比作前任知府吴岳。历任易州副使、陕西参政、四川按察使、右布政使。都因清廉的声望，被举荐的奏章上了十多次。隆庆二年，以右佥都御史的身份巡抚贵州。还没上任，改任四川。严清长期在四川做官，属官畏惧他的风采，相继砥砺名节操行，很少有贪污败坏的。郡县士兵每年在成都集中操练，严清废除了它。番人进贡，裁减为固定数额。痛恨豪强大族和凶悍官吏，诋毁他的人也很多。陕西流贼进入境内，巡按御史王廷瞻弹劾严清放纵贼寇。大学士赵贞吉说：“贼寇起于郧阳、陕西，祸害四川边境，即使有罪，应当追究守土官员的责任，不应专门责备巡抚。我是蜀人，深知严清约束自己、爱护百姓，减少事务、忍受怨恨。如今蜀地年成荒歉、百姓流亡，正依靠严清如同父母，怎么能抛弃他！任事的臣子想为国家造福小民，必定得罪豪强。议论的人不体察，动辄用苛刻的法律条文来苛求他。近来海瑞已经离去，如果严清又被罢免，那么任事的臣子都免不了被弹劾攻击，只有保全自身、保住官位才算得计了。”奏疏呈上，不被允许，命令他解职听候调任。严清于是不再出仕。
万历二年，起抚山西。未赴，改贵州。历两京大理卿，三迁刑部尚书。张居正当国，尚书不附丽者独清。居正既卒，籍冯保家，得廷臣馈遗籍，独无清名，神宗深重焉。会吏部尚书梁梦龙罢，即以清代。日讨故实，辨官材，自丞佐下皆亲署，无一幸进者。中外师其廉俭，书问几绝。甫半岁，得疾归。帝数问阁臣：「严尚书病愈否？」十五年，兵部缺尚书，用杨博故事，特诏起补。遣使趣行，而清疾益甚，不能赴。又三年卒。赠太子太保，谥恭肃。
万历二年，被起用为山西巡抚。还没赴任，改任贵州。历任两京大理卿，三次升迁任刑部尚书。张居正执政，尚书不依附他的只有严清。张居正死后，抄没冯保家产，得到朝臣赠送礼物的名册，唯独没有严清的名字，神宗非常敬重他。恰逢吏部尚书梁梦龙被罢免，就用严清代替。他每天考求典故，辨别官员才能，从丞佐以下都亲自签署，没有一个侥幸升进的人。朝廷内外以他的廉洁俭朴为师，书信问候几乎断绝。刚半年，得病回乡。皇帝多次问阁臣：“严尚书病好了没有？”万历十五年，兵部缺尚书，采用杨博的旧例，特地下诏起用补任。派使者催促赴任，但严清的病更加严重，不能赴任。又过了三年去世。追赠太子太保，谥号恭肃。
清初拜尚书，不能具服色，束素犀带以朝。或嘲之曰：「公释褐时，七品玳瑁带犹在耶？」清笑而已。
严清刚被任命为尚书时，不能备齐官服颜色，束着素色犀牛角带子上朝。有人嘲笑他说：“您刚做官时，七品的玳瑁带还在吗？”严清只是笑笑而已。
宋𫄸，字伯敬，商丘人。嘉靖三十八年进士。授永平推官。擢御史，出视西关，按应天诸府。隆庆改元，再按山西。俺答陷石州，将士捕七十七人，当斩。𫄸讯得其诬，释者殆半。静乐民李良雨化为女，𫄸言此阳衰阴盛之象，宜进君子退小人，以挽气运。帝嘉纳之。擢顺天府丞，寻以右佥都御史巡抚保定诸府。核缺伍，汰冗兵，罢诸道援兵防御，省饷无算。
宋𫄸，字伯敬，商丘人。嘉靖三十八年考中进士。被授予永平推官。升任御史，出京巡视西关，巡按应天等府。隆庆改元，再次巡按山西。俺答攻陷石州，将士捕获七十七人，应当斩首。宋𫄸审讯得知他们是冤枉的，释放了近一半人。静乐百姓李良雨变成女子，宋𫄸说这是阳衰阴盛的征兆，应当进用君子、斥退小人，以挽回气运。皇帝赞许并采纳了他的意见。升任顺天府丞，不久以右佥都御史的身份巡抚保定等府。核查缺额兵员，淘汰冗兵，撤销各道援兵防御，节省军饷无数。
万历初，与张居正不合，引疾归。居正卒，廷臣交荐，以故官抚保定。获鹿诸县饥，先振后以闻。帝以近畿宜俟命，令灾重及地远者便宜振贷，余俱奏闻。寻迁南京户部右侍郎。召还部，进左，改督仓场。请减额解赎银，民壮弓兵诸役已裁者，勿征民间工食。十四年，迁户部尚书。民壮工食已减半，复有请尽蠲者，𫄸因并历日诸费奏裁之。有司征赋惧缺额，鞭挞取盈，𫄸请有司考成，视灾伤为上下。山西连岁荒，赖社仓获济，𫄸请推行天下，以纸赎为籴本，不足则劝富人，或令民输粟给冠带。又言：「边储大计，最重屯田、盐策。近诸边年例银增至三百六十一万，视弘治初八倍，宜修屯政，商人垦荒中盐。」帝皆称善。圣节赏赉，诏取部帑银二十万两，𫄸执奏，不从。潞王将之国，复取银三十万两市珠宝，𫄸亦力争，乃减三之一。故事，金花银岁进百万两，帝即位之六年，增二十万，遂以为常。𫄸三请停加额，终不许。
万历初年，与张居正不合，称病回乡。张居正死后，朝臣交相举荐，以原官巡抚保定。获鹿等县饥荒，先赈济后上报。皇帝认为近畿地区应当等待命令，下令灾情严重及偏远地区可自行赈济借贷，其余都要奏报。不久升任南京户部右侍郎。被召回户部，升左侍郎，改任督仓场。请求减少定额解送的赎罪银，民壮、弓兵等已裁撤的差役，不再征收民间的工食钱。万历十四年，升任户部尚书。民壮工食已减半，又有人请求全部免除，宋𫄸于是连同历日等费用一并奏请裁减。有关部门征收赋税害怕缺额，用鞭打来凑足，宋𫄸请求有关部门的考核，根据灾伤情况评定上下等级。山西连年荒歉，依靠社仓得以救济，宋𫄸请求推广到天下，用纸赎作为籴本，不足就劝富人捐助，或让百姓缴纳粮食给予冠带。又说：“边防储备的大计，最重要的是屯田、盐法。近来各边镇年例银增至三百六十一万，比弘治初年多了八倍，应当修明屯政，让商人垦荒中盐。”皇帝都认为好。圣节赏赐，下诏取户部库银二十万两，宋𫄸坚持上奏，不被听从。潞王将前往封国，又取银三十万两购买珠宝，宋𫄸也极力谏争，于是减了三分之一。旧例，金花银每年进献百万两，皇帝即位第六年，增加二十万，于是成为常例。宋𫄸三次请求停止增加额数，最终不被允许。
𫄸为户部五年，值四方多灾。为酌盈虚，筹缓急，奏报无需时，上下赖之。而都御史吴时来以吏部尚书杨巍年老求去，忌𫄸名出己上，两疏劾，𫄸因杜门乞休，帝不许。及巍去，卒以𫄸代之。巍在部，不能止吏奸，且遇事辄请命政府。𫄸绝请寄，奖廉抑贪，罪黠吏百余人，于执政一无所关白。会文选员外郎缺官，𫄸拟起邹元标。奏不下，再疏趣之。大学士申时行遂拟旨切责，斥元标南京。顷之，以序班盛名昭注官有误，时行劾奏之。序班刘文润迁詹事府录事，时行又劾文润由输粟进，不当任清秩。时殿阁中书无不以赀进者，时行独争一录事。𫄸知其意，五疏乞休。福建佥事李琯言：「时行庇巡抚秦燿，而𫄸议罢之。仇主事高桂，而𫄸议用之。以故假小事𬺈龁，使不得安其位。」帝不纳琯言，亦不允𫄸请。无何，𫄸卒官。诏赠太子太保，谥庄敬。
宋𫄸任户部尚书五年，正值四方多灾。他斟酌盈虚，筹划缓急，奏报从不延误时间，上下都依赖他。但都御史吴时来因为吏部尚书杨巍年老请求离职，嫉妒宋𫄸名声在自己之上，两次上疏弹劾，宋𫄸于是闭门请求退休，皇帝不许。等到杨巍离职，最终用宋𫄸代替他。杨巍在吏部，不能制止吏员奸猾，而且遇事就向内阁请示。宋𫄸杜绝请托，奖励廉洁、抑制贪污，惩处狡猾的吏员一百多人，对执政大臣一概不禀报。恰逢文选员外郎缺官，宋𫄸拟起用邹元标。奏疏不下发，再次上疏催促。大学士申时行于是拟旨严厉斥责，将邹元标贬到南京。不久，因序班盛名昭注官有误，申时行弹劾他。序班刘文润升任詹事府录事，申时行又弹劾刘文润由输粟进官，不应当担任清要之职。当时殿阁中书没有不靠钱财进身的，申时行唯独争一个录事。宋𫄸知道他的用意，五次上疏请求退休。福建佥事李琯说：“申时行庇护巡抚秦燿，而宋𫄸提议罢免他。申时行仇视主事高桂，而宋𫄸提议任用他。因此借小事倾轧，使他不能安于其位。”皇帝不采纳李琯的话，也不允许宋𫄸的请求。不久，宋𫄸在任上去世。下诏追赠太子太保，谥号庄敬。
𫄸凝重有识，议事不茍。石星代为户部，尝语𫄸曰：「某郡有奇羡，可济国需。」𫄸曰：「朝廷钱谷，宁蓄久不用，勿使搜括无余。主上知物力充羡，则侈心生矣。」星怃然。有郎言漕粮宜改折，𫄸曰：「太仓之储，宁红腐不可匮绌，一旦不继，何所措手？」中外陈奏，帝多不省，或直言指斥，辄曰「此沽名耳」，不罪。于慎行称帝宽大，𫄸愀然曰：「言官极论得失，要使人主动心；纵罪及言官，上意犹有所儆省。概置勿问，则如痿痹不可疗矣。」后果如其言。
宋𫄸稳重有见识，议论事情不随便。石星代理户部时，曾对宋𫄸说：“某郡有盈余，可以接济国家需要。”宋𫄸说：“朝廷的钱粮，宁可积蓄长久不用，也不要搜刮无余。主上知道物力充足，就会产生奢侈之心了。”石星怅然若失。有郎官说漕粮应当改折银两，宋𫄸说：“太仓的储备，宁可红腐也不能匮乏，一旦接济不上，从哪里着手？”朝廷内外的陈奏，皇帝多不审阅，有人直言指斥，就说“这是沽名钓誉罢了”，不加罪。于慎行称赞皇帝宽大，宋𫄸神色严肃地说：“言官极力议论得失，是要使主上动心；即使降罪言官，主上心里还会有所警戒反省。一概搁置不问，那就如同痿痹之病无法医治了。”后来果然如他所说。
陆光祖，字与绳，平湖人。祖淞，父杲，皆进士。淞，光禄卿。杲，刑部主事。光祖年十七，与父同举于乡。寻登嘉靖二十六年进士，除浚县知县。兵部尚书赵锦檄畿辅民筑塞垣，光祖言不便。锦怒，劾之。光祖言于巡抚，请输雇值，民乃安。郡王夺民产，光祖裁以法。
陆光祖，字与绳，平湖人。祖父陆淞，父亲陆杲，都是进士。陆淞任光禄卿。陆杲任刑部主事。陆光祖十七岁时，与父亲一同考中乡试。不久考中嘉靖二十六年进士，被任命为浚县知县。兵部尚书赵锦征调畿辅百姓修筑边墙，陆光祖说不便。赵锦发怒，弹劾他。陆光祖对巡抚说明，请求支付雇值，百姓才安定。郡王夺取百姓产业，陆光祖依法裁断。
迁南京礼部主事，请急归。补祠祭主事，历仪制郎中。严讷为尚书，雅重光祖，议无不行。及讷改吏部，调光祖验封郎中，改考功。王崇古、张瀚、方逢时、王一鹗挂物议，力雪之。既而改文选，益务汲引人才，登进耆硕几尽。又破格擢廉能吏王化、江东、邵元善、张泽、李珙、郭文通、蔡琮、陈永、谢侃。或由乡举贡士，或起自书吏。由是下僚竞劝，讷亦推心任之，故光祖得行其志。左侍郎朱衡衔光祖，有后言，御史孙丕扬遂以专擅劾光祖。时已迁太常少卿，坐落职闲住。
升任南京礼部主事，请假回乡。补任祠祭主事，历任仪制郎中。严讷任尚书，非常器重陆光祖，他的建议没有不实行的。等到严讷改任吏部，调陆光祖任验封郎中，改任考功。王崇古、张瀚、方逢时、王一鹗受到舆论非议，陆光祖极力为他们洗雪。不久改任文选郎中，更加致力于引荐人才，几乎把年高有德的人都进用了。又破格提拔廉洁能干的官吏王化、江东、邵元善、张泽、李珙、郭文通、蔡琮、陈永、谢侃。有的由乡举贡士，有的出身书吏。从此下级官吏竞相勉励，严讷也推心置腹地任用他，所以陆光祖能实现自己的志向。左侍郎朱衡怨恨陆光祖，有背后议论，御史孙丕扬于是以专权擅政弹劾陆光祖。当时他已升任太常少卿，因此被免职闲住。
大学士高拱掌吏部，谋倾徐阶。阶宾客皆避匿，光祖独为排解。及拱罢，杨博代为吏部，义之，特起南京太仆少卿。未上，擢本寺卿。又就进大理卿。半道丁父艰。万历五年，起故官。张居正以夺情杖言者，光祖遗书规之。及王用汲劾居正，居正将中以危祸，光祖时入为大理卿，力解得免。居正与光祖同年相善，欲援为助，光祖无诡随。及迁工部右侍郎，以议漕粮改折忏居正，御史张一鲲论之，光祖遽引归。
大学士高拱掌管吏部，图谋倾覆徐阶。徐阶的宾客都躲避藏匿，只有陆光祖为他排解。等到高拱被罢免，杨博代管吏部，认为陆光祖有义气，特地起用他为南京太仆少卿。还没上任，升为本寺卿。又就地升任大理卿。半路上遭遇父亲丧事。万历五年，起用原官。张居正因夺情杖责言官，陆光祖写信规劝他。等到王用汲弹劾张居正，张居正将要用重祸加害他，陆光祖当时入朝任大理卿，极力解救得以免祸。张居正与陆光祖同年考中，关系友好，想拉拢他作为助手，陆光祖没有曲意附和。等到升任工部右侍郎，因议论漕粮改折触犯张居正，御史张一鲲弹劾他，陆光祖立即引退回乡。
十一年冬，荐起南京兵部右侍郎。甫旬日，召为吏部。悉引居正所摈老成人，布九列。李植、江东之力求居正罪，光祖言居正辅翼功不可泯，与言路左。植辈以丁此吕故攻尚书杨巍，光祖右巍诋言者。言者遂群攻光祖，乃由左侍郎出为南京工部尚书。御史周之翰劾光祖附宗人炳得清华，帝不问。御史杨有仁遂劾光祖受赇请属，巍力保持之，事得寝，光祖竟引疾去。
万历十一年冬，被推荐起用为南京兵部右侍郎。刚十天，被召入吏部。他全部引用了张居正所排斥的老成之人，布置在九卿之位。李植、江东之极力追究张居正的罪过，陆光祖说张居正辅佐的功劳不可磨灭，与言官意见相左。李植等人因丁此吕的缘故攻击尚书杨巍，陆光祖袒护杨巍而诋毁言官。言官于是群起攻击陆光祖，他于是从左侍郎调出为南京工部尚书。御史周之翰弹劾陆光祖依附同宗陆炳得以担任清要之职，皇帝不过问。御史杨有仁于是弹劾陆光祖接受贿赂、请托，杨巍极力保护他，事情得以平息，陆光祖最终称病离职。
十五年，起南京刑部尚书，就改吏部。率同官劾东厂太监张鲸，且乞宥李沂。已，言国本未定，由鲸构谋，请除之以安宗社。及帝召还鲸，复率同官极谏。入为刑部尚书。帝尝书其名御屏。吏部尚书宋𫄸卒，遂用光祖代，而以赵锦代光祖。御史王之栋言二人不当用。帝怒，贬之栋杂职。时部权为内阁所夺，𫄸力矫之，遂遭挫，光祖不为慑。尝以事与大学士申时行迕。时行不悦，光祖卒无所徇。时行谢政，特旨用赵志臯、张位，时行所密荐也。光祖言，辅臣当廷推，不当内降。帝命不为后例。
万历十五年，起用为南京刑部尚书，就地改任吏部尚书。率领同官弹劾东厂太监张鲸，并请求宽恕李沂。之后，说国本未定，是由于张鲸的阴谋，请求除掉他以安定宗庙社稷。等到皇帝召回张鲸，又率领同官极力谏阻。入朝任刑部尚书。皇帝曾把他的名字写在御屏上。吏部尚书宋𫄸去世，于是用陆光祖代替，而用赵锦代替陆光祖。御史王之栋说二人不应当任用。皇帝发怒，将王之栋贬为杂职。当时吏部权力被内阁夺取，宋𫄸极力矫正，于是遭到挫折，陆光祖不因此畏惧。曾因事与大学士申时行相抵触。申时行不高兴，陆光祖最终没有曲从。申时行辞官后，特旨任用赵志皋、张位，这是申时行秘密推荐的。陆光祖说，辅臣应当廷推，不应当由内降任命。皇帝命令不成为后例。
二十年，大计外吏，给事中李春开、王遵训、何伟、丁应泰，御史刘汝康皆先为外吏，有物议，悉论黜之。又举许孚远、顾宪成等二十二人，时论翕然称焉。顷之，以推用饶伸、万国钦忏旨，文选郎王教以下尽逐。光祖谓事由己，引罪乞休，为郎官祈宥，不许。及会推阁臣，廷臣循故事，首光祖名。诏报曰：「卿前请廷推，推固宜首卿。」光祖知不能容，日怀去志。无何，以王时槐、蔡悉、王樵、沈节甫老成魁艾，特推荐之，给事中乔胤遂劾光祖及文选郎邹观光。光祖遂力求去，许驰驿。在籍五年卒。赠太子太保，谥庄简。
万历二十年，大计外官，给事中李春开、王遵训、何伟、丁应泰，御史刘汝康都曾担任外官，有舆论非议，全部被论罪罢黜。又举荐许孚远、顾宪成等二十二人，当时舆论一致称赞。不久，因推举任用饶伸、万国钦触犯圣意，文选郎王教以下全部被驱逐。陆光祖说事情由自己引起，引罪请求退休，为郎官求情宽恕，不被允许。等到会推阁臣，廷臣遵循旧例，首推陆光祖之名。诏书回复说：“你之前请求廷推，推举本来应当以你为首。”陆光祖知道不能容身，天天怀着离职之心。不久，因王时槐、蔡悉、王樵、沈节甫老成贤德，特别推荐他们，给事中乔胤于是弹劾陆光祖及文选郎邹观光。陆光祖于是极力请求离职，被允许乘驿车回乡。在家乡五年后去世。追赠太子太保，谥号庄简。
光祖清强有识，练达朝章。每议大政，一言辄定。初官礼部，将擢尚宝少卿，力让时槐。丕扬劾罢光祖，后再居吏部，推毂之甚力。赵用贤、沈思孝以论此吕事与光祖左，后亦数推挽之。御史蔡时鼎、陈登云尝劾光祖，光祖引登云为知己。时鼎视鹾两淮，以建言罢，商人讦于南刑部，光祖时为尚书，雪其诬，罪妄诉者。人服其量。
陆光祖清廉刚强有见识，通晓朝廷典章制度。每次商议国家大政，他一句话就能决定。起初在礼部任职，将要升任尚宝少卿时，他极力推让给时槐。孙丕扬弹劾罢免了陆光祖，后来孙丕扬再次担任吏部尚书时，却极力推荐他。赵用贤、沈思孝因为议论此吕之事与陆光祖意见不合，后来也多次推举提携他。御史蔡时鼎、陈登云曾弹劾陆光祖，陆光祖却引荐陈登云为知己。蔡时鼎巡视两淮盐政，因进言被罢官，商人在南京刑部告发他，陆光祖当时任尚书，为他洗清诬陷，惩处了妄告的人。人们都佩服他的气量。
孙鑨，字文中。父升，字志高，都御史燧季子也。嘉靖十四年进士及第。授编修，累官礼部侍郎。严嵩枋国，升其门生也，独无所附丽。会南京礼部尚书缺，众不欲行，升独请往。卒，赠太子少保，谥文恪。升尝念父死宸濠之难，终身不书宁字，亦不为人作寿文。居官不言人过，时称笃行君子。四子，鑨、铤、𫓽、鑛。铤，南京礼部右侍郎。𫓽，太仆卿。鑛自有传。
孙鑨，字文中。父亲孙升，字志高，是都御史孙燧的小儿子。嘉靖十四年考中进士。被授予编修官职，逐步升任礼部侍郎。严嵩当权时，孙升是他的门生，却唯独不依附他。恰逢南京礼部尚书空缺，众人都不愿前往，孙升独自请求前往。去世后，追赠太子少保，谥号文恪。孙升曾因父亲死于宁王朱宸濠之难，终身不写“宁”字，也不替人写祝寿文章。做官不谈论他人过失，当时被称为笃行君子。他有四个儿子：孙鑨、孙铤、孙𫓽、孙鑛。孙铤任南京礼部右侍郎。孙𫓽任太仆卿。孙鑛自有传记。
鑨举嘉靖三十五年进士，授武库主事。历武选郎中，尚书杨博深器之。世宗斋居二十年，谏者辄获罪。鑨请朝群臣，且力诋近幸方士，引赵高、林灵素为喻。中贵匿不以闻，鑨遂引疾归。隆庆元年，起南京文选郎中。万历初，累迁光禄卿。引疾归。里居十年，坐卧一小楼，宾客罕见其面。起故官，进大理卿。都御史吴时来议律例，多纰盭，鑨力争之。帝悉从驳议。历南京吏部尚书，寻改兵部，参赞机务。命甫下，会陆光祖去，廷推代者再，乃召为吏部尚书。
孙鑨考中嘉靖三十五年进士，被授予武库主事。历任武选郎中，尚书杨博非常器重他。明世宗斋居二十年，进谏的人往往获罪。孙鑨请求皇帝朝见群臣，并极力抨击亲近的宠臣和方士，引用赵高、林灵素作比喻。宦官隐瞒不报，孙鑨于是称病回乡。隆庆元年，被起用为南京文选郎中。万历初年，逐步升任光禄卿。又称病回乡。在家居住十年，坐卧在一座小楼中，宾客很少见到他的面。后来被起用为原官，升任大理卿。都御史吴时来议论律例，多有错误，孙鑨极力与他争辩。皇帝全部采纳了孙鑨的驳议。历任南京吏部尚书，不久改任兵部尚书，参赞军务。任命刚下达，恰逢陆光祖离职，朝廷两次推选替代者，于是召孙鑨任吏部尚书。
吏部自宋𫄸及光祖为政，权始归部。至鑨，守益坚。故事，冢宰与阁臣遇不避道，后率引避。光祖争之，乃复故。然阴戒驺人异道行，至鑨益径直。张位等不能平，因欲夺其权。建议大僚缺，九卿各举一人，类奏以听上裁，用杜专擅。鑨言：「廷推，大臣得共衡可否，此『爵人于朝，与众共之』之义，类奏启幸途，非制。」给事中史孟麟亦言之。诏卒如位议。自是吏部权又渐散之九卿矣。
吏部从宋𫄸和陆光祖执政开始，权力才回归本部。到孙鑨时，坚守得更坚定。按旧例，吏部尚书与内阁大臣相遇不必让道，后来都引车回避。陆光祖为此争辩，才恢复旧制。但他暗中告诫车夫走别的道路，到孙鑨时更加径直而行。张位等人心中不平，于是想夺他的权。他们建议大官空缺时，九卿各推举一人，分类上奏听候皇帝裁决，用以杜绝专权。孙鑨说：“朝廷推举，大臣可以共同权衡可否，这是‘在朝廷封爵，与众人共议’的道理，分类上奏会开启侥幸之路，不合制度。”给事中史孟麟也这样说。但诏书最终按张位的建议执行。从此吏部的权力又逐渐分散到九卿手中。
二十一年，大计京朝官，力杜请谒。文选员外郎吕胤昌，鑨甥也，首斥之。考功郎中赵南星亦自斥其姻。一时公论所不予者贬黜殆尽，大学士赵志臯弟预焉。由是执政皆不悦。王锡爵方以首辅还朝，欲有所庇。比至而察疏已上，庇者在黜中，亦不能无憾。会言官以拾遗论劾稽勋员外郎虞淳熙、职方郎中杨于廷、主事袁黄。鑨议谪黄，留淳熙、于廷。诏黄方赞画军务，亦留之。给事中刘道隆遂言淳熙、于廷不当议留，乃下严旨责部臣专权结党。鑨言：「淳熙，臣乡人，安贫好学。于廷力任西事，尚书石星极言其才。今宁夏方平，臣不敢以功为罪。且既名议覆，不嫌异同。若知其无罪，以谏官一言而去之，自欺欺君，臣谊不忍为也。」帝以鑨不引罪，夺其俸，贬南星三官，淳熙等俱勒罢。
万历二十一年，考核京城朝官，孙鑨极力杜绝请托。文选员外郎吕胤昌是孙鑨的外甥，首先被斥退。考功郎中赵南星也自行斥退自己的姻亲。一时间舆论认为不好的人几乎都被贬黜，大学士赵志皋的弟弟也在其中。因此执政大臣都不高兴。王锡爵刚以首辅身份回朝，想庇护一些人。等他到时考察奏疏已呈上，他想庇护的人都在被贬之列，也不能没有遗憾。恰逢言官以拾遗名义弹劾稽勋员外郎虞淳熙、职方郎中杨于廷、主事袁黄。孙鑨建议贬谪袁黄，留用虞淳熙、杨于廷。诏书说袁黄正在赞画军务，也留用了他。给事中刘道隆于是说虞淳熙、杨于廷不应被议留，皇帝便下严旨责备吏部大臣专权结党。孙鑨说：“虞淳熙是我的同乡，安贫好学。杨于廷尽力承担西部事务，尚书石星极力称赞他的才能。现在宁夏刚刚平定，我不敢把功劳当作罪过。而且既然名为议覆，就不应忌讳不同意见。如果知道他们无罪，却因谏官一句话而罢免他们，这是自欺欺君，我的道义不忍心这样做。”皇帝因孙鑨不认罪，扣发他的俸禄，贬赵南星三级官职，虞淳熙等人都被勒令罢官。
鑨遂乞休，且白南星无罪。左都御史李世达以己同掌察，而南星独被谴，亦为南星、淳熙等讼。帝皆不听。于是佥都御史王汝训，右通政魏允贞，大理少卿曾干亨，郎中于孔兼，员外郎陈泰来，主事顾允成、张纳升、贾严，助教薛敷教交章讼南星冤，而泰来词尤切，其略曰：
孙鑨于是请求退休，并申明赵南星无罪。左都御史李世达因自己同掌考察，而赵南星独自被谴责，也为赵南星、虞淳熙等人申诉。皇帝都不听从。于是佥都御史王汝训、右通政魏允贞、大理少卿曾干亨、郎中于孔兼、员外郎陈泰来、主事顾允成、张纳升、贾严、助教薛敷教纷纷上奏章为赵南星申冤，而陈泰来的言辞尤其恳切，大致内容如下：
臣尝四更京察。其在丁丑，张居正以夺情故，用御史朱琏谋，借星变计吏，箝制众口。署部事方逢时、考功郎中刘世亨依违其间。如蔡文范、习孔教辈并挂察籍，不为众所服。辛巳，居正威福已成，王国光唯诺唯谨，考功郎中孙惟清与吏科秦耀谋尽锢建言诸臣吴中行等。今辅臣赵志臯、张位、抚臣赵世卿亦挂名南北京察，公论冤之。丁亥，御史王国力折给事中杨廷相、同官马允登之邪议。而尚书杨巍素性模棱，考功郎徐一槚立调停之画。泾、渭失辩，亦为时议所议。独今春之役，旁咨博采，核实称情，邪谄尽屏，贪墨必汰；乃至鑨割渭阳之情，南星忍秦、晋之好，公正无逾此者。元辅锡爵兼程赴召，人或疑其欲干计典。今其亲故皆不能庇，欲甘心南星久矣。故道隆章上，而专权结党之旨旋下。夫以吏部议留一二庶僚为结党，则两都大僚被拾遗者二十有二人，而阁臣议留者六，詹事刘虞夔以锡爵门生而留，独可谓之非党耶？且部权归阁，自高拱兼摄以来，已非一日。尚书自张瀚、严清而外，选郎自孙钅广、陈有年而外，莫不奔走承命。其流及于杨巍，至刘希孟、谢廷采而扫地尽矣。尚书宋𫄸稍欲振之，卒为故辅申时行𬺈龁以死。尚书陆光祖、文选郎王教、考功郎邹观光矢志澄清，辅臣王家屏虚怀以听，铨叙渐清。乃时行身虽还里，机伏垣墙，授意内榼张诚、田义及言路私人，教、观光遂不久斥逐。今祖其故智，借拾遗以激圣怒，是内榼与阁臣表里，箝勒部臣，而陛下未之察也。
臣曾四次经历京察。在丁丑年，张居正因夺情之事，采用御史朱琏的计谋，借星象变化考核官吏，钳制众人之口。代理部事的方逢时、考功郎中刘世亨在其中依违两可。像蔡文范、习孔教等人都被列入考察名册，不被众人信服。辛巳年，张居正已形成威福之势，王国光唯唯诺诺，考功郎中孙惟清与吏科给事中秦耀谋划全部禁锢建言的大臣吴中行等人。现在的辅臣赵志皋、张位、巡抚赵世卿也被列入南北京察名单，舆论认为他们冤枉。丁亥年，御史王国极力驳斥给事中杨廷相、同官马允登的邪说。而尚书杨巍素来模棱两可，考功郎徐一槚提出调停之策。泾渭不分，也被当时舆论批评。唯独今年春天的这次考察，广泛咨询，核实情况，邪恶谄媚之人全部屏退，贪官污吏必定淘汰；甚至孙鑨割舍甥舅之情，赵南星忍痛放弃姻亲之好，公正没有超过此事的。首辅王锡爵兼程赶回朝廷，有人怀疑他想干预考察。如今他的亲故都不能庇护，他早就想整治赵南星了。所以刘道隆的奏章一上，专权结党的旨意就立刻下达。如果吏部议留一两个小官就是结党，那么两京大官被拾遗的有二十二人，而内阁大臣议留的有六人，詹事刘虞夔因是王锡爵的门生而被留用，难道能说这不是结党吗？而且部权归于内阁，从高拱兼管以来，已不是一天了。尚书除张瀚、严清之外，选郎除孙钅广、陈有年之外，无不奔走听命。这种风气传到杨巍时，到刘希孟、谢廷采时已扫地殆尽。尚书宋𫄸稍想振作，最终被前辅臣申时行倾轧致死。尚书陆光祖、文选郎王教、考功郎邹观光立志澄清吏治，辅臣王家屏虚心听取，铨选逐渐清明。但申时行虽已回乡，却在朝中埋下伏机，授意宦官张诚、田义及言路中的私人，王教、邹观光不久就被斥逐。现在他们效法旧智，借拾遗来激怒圣上，这是宦官与内阁大臣内外勾结，钳制部臣，而陛下没有察觉。
疏入，帝怒，谪孔兼、泰来等。世达又抗疏论救，帝怒，尽斥南星、淳熙、于廷黄为民。鑨乃上疏言：「吏部虽以用人为职，然进退去留，必待上旨。是权固有在，非臣部得专也。今以留二庶僚为专权，则无往非专矣；以留二司属为结党，则无往非党矣。如避专权结党之嫌，畏缩选愞，使铨职之轻自臣始，臣之大罪也。臣任使不效，徒洁身而去，俾专权结党之说终不明于当时，后来者且以臣为戒，又大罪也。」固请赐骸骨，仍不允。鑨遂杜门称疾。疏累上，帝犹温旨慰留，赐羊豕、酒酱、米物，且敕侍郎蔡国珍暂署选事，以需鑨起。鑨坚卧三月，疏至十上，乃许乘传归。居三年卒。赠太子太保，谥清简。
奏疏呈入，皇帝发怒，贬谪于孔兼、陈泰来等人。李世达又上疏抗争论救，皇帝更加愤怒，将赵南星、虞淳熙、杨于廷、袁黄全部贬为平民。孙鑨于是上疏说：“吏部虽然以用人为职责，但官员的进退去留，必须听候圣旨。这说明权力本有归属，不是臣部能专断的。如今因留用两个小官就说是专权，那么无处不是专权了；因留用两个部属就说是结党，那么无处不是结党了。如果为了避免专权结党的嫌疑，畏缩软弱，使铨选之职的轻贱从臣开始，这是臣的大罪。臣任职没有成效，只求洁身而去，使专权结党的说法始终不明于当时，后来者将以此为戒，这又是臣的大罪。”坚决请求退休，皇帝仍不允准。孙鑨于是闭门称病。奏疏多次呈上，皇帝仍下温旨慰留，赐给羊猪、酒酱、米物，并命侍郎蔡国珍暂时代理选事，以等待孙鑨复出。孙鑨坚持卧病三个月，奏疏上了十次，才允许他乘驿车回乡。在家居住三年后去世。追赠太子太保，谥号清简。
鑨尝曰：「大臣不合，惟当引去。否则有职业在，谨自守足矣。」其志节如此。
孙鑨曾说：“大臣与朝廷意见不合，只应引退。否则有本职在，谨慎自守就够了。”他的志节就是这样。
子如法，官刑部主事。以谏阻郑贵妃进封，贬潮阳典史。久之，移疾归。廷臣累荐，悉报寝。卒，赠光禄少卿。
儿子孙如法，官任刑部主事。因谏阻郑贵妃进封，被贬为潮阳典史。很久以后，称病回乡。朝廷大臣多次推荐他，都被搁置不报。去世后，追赠光禄少卿。
陈有年，字登之，余姚人。父克宅，字即卿，正德九年进士。嘉靖中官御史。哭争「大礼」，有大僚欲去，克宅扼其项曰：「奈何先去为人望？」其人愧而止。俄系狱廷杖。获释，先后按贵州、河南，多所弹劾。吏部尚书廖纪姻为所劾罢，恶之，出为松潘副使。累迁右副都御史，巡抚贵州。都匀苗王阿向作乱，据凯口囤。克宅与总兵官杨仁攻斩阿向。论功，进秩。旋移抚苏、松。既行，而阿向党复叛，坐罢官候勘。巡抚汪珊讨平贼，推功克宅。克宅已卒，乃赐恤典。
陈有年，字登之，余姚人。父亲陈克宅，字即卿，正德九年进士。嘉靖年间任御史。因哭争“大礼”，有位大官想离去，陈克宅扼住他的脖子说：“为什么先走以失人望？”那人惭愧而止。不久被关进监狱受廷杖。获释后，先后巡视贵州、河南，多有弹劾。吏部尚书廖纪的姻亲被他弹劾罢官，廖纪憎恨他，将他外放为松潘副使。逐步升任右副都御史，巡抚贵州。都匀苗王阿向作乱，占据凯口囤。陈克宅与总兵官杨仁攻杀阿向。论功行赏，升官。随即调任巡抚苏、松。他走后，阿向的党羽再次叛乱，陈克宅因此被罢官听候审查。巡抚汪珊讨平贼寇，将功劳归于陈克宅。陈克宅已去世，于是赐予抚恤恩典。
有年举嘉靖四十一年进士，授刑部主事。改吏部，历验封郎中。万历元年，成国公朱希忠卒，其弟锦衣都督希孝贿中官冯保援张懋例乞赠王，大学士张居正主之。有年持不可，草奏言：「令典：功臣殁，公赠王，侯赠公，子孙袭者，生死止本爵。懋赠王，廷议不可，即希忠父辅亦言之。后竟赠，非制。且希忠无勋伐，岂当滥宠。」左侍郎刘光济署部事，受指居正，为删易其稿。有年力争，竟以原奏上。居正不怿，有年即日谢病去。
陈有年考中嘉靖四十一年进士，被授予刑部主事。改任吏部，历任验封郎中。万历元年，成国公朱希忠去世，他的弟弟锦衣卫都督朱希孝贿赂宦官冯保，援引张懋的先例请求追赠王爵，大学士张居正支持此事。陈有年坚持认为不可，起草奏疏说：“令典规定：功臣去世，公爵追赠王爵，侯爵追赠公爵，子孙袭爵的，生前死后只保持本爵。张懋追赠王爵，朝廷议论认为不可，连朱希忠的父亲朱辅也说过。后来竟然追赠了，不合制度。而且朱希忠没有功勋，岂能滥加恩宠。”左侍郎刘光济代理部事，受张居正指使，删改了他的奏稿。陈有年据理力争，最终以原奏呈上。张居正不高兴，陈有年当天就称病离职。
十二年起稽勋郎中，历考功、文选，谢绝请寄。除目下，中外皆服。迁太常少卿，以右佥都御史巡抚江西。尚方所需陶器，多奇巧难成，后有诏许量减，既而如故。有年引诏旨请，不从。内阁申时行等固争，乃免十之三。南畿、浙江大祲，诏禁邻境闭籴，商舟皆集江西，徽人尤众。而江西亦岁俭，群乞有年禁遏。有年疏陈济急六事，中请稍弛前禁，令江西民得自救。南京御史方万山劾有年违诏。帝怒，夺职归。荐起督操江，累迁吏部右侍郎。改兵部，又改吏部。尚书孙鑨、左侍郎罗万化皆乡里，有年力引避，朝议不许。
万历十二年，陈有年被起用为稽勋郎中，历任考功、文选郎中，谢绝请托。任命名单下达后，朝廷内外都信服。升任太常少卿，以右佥都御史身份巡抚江西。尚方所需的陶器，多奇巧难制，后来有诏书允许酌情减少，但不久又恢复原样。陈有年援引诏旨请求减量，不被采纳。内阁申时行等人坚决争辩，才减免十分之三。南畿、浙江发生大饥荒，诏书禁止邻境关闭籴场，商船都聚集到江西，徽州人尤其多。而江西也年成歉收，众人请求陈有年加以禁止。陈有年上疏陈述救急六事，其中请求稍微放宽前禁，让江西百姓得以自救。南京御史方万山弹劾陈有年违诏。皇帝发怒，将他夺职回乡。后来被推荐起用为督操江，逐步升任吏部右侍郎。改任兵部，又改回吏部。尚书孙鑨、左侍郎罗万化都是同乡，陈有年极力回避，朝廷议论不允许。
寻由左侍郎擢南京右都御史。二十一年与吏部尚书温纯共典京察，所黜咸当。未几，遂代纯位。其秋，鑨谢事，召拜吏部尚书。止宿公署中，见宾则于待漏所。引用僚属，极一时选。明年，王锡爵将谢政，廷推阁臣，诏无拘资品。有年适在告，侍郎赵参鲁、盛讷、文选郎顾宪成往咨之，列故大学士王家屏、故礼部尚书沈鲤、故吏部尚书孙鑨、礼部尚书沈一贯、左都御史孙丕扬、吏部侍郎邓以赞、少詹事冯琦七人名上。盖鑨丕扬非翰林，为不拘资，琦四品，为不拘品也。家屏以争国本去位，帝意雅不欲用。又推及吏部尚书、左都御史非故事，严旨责让。谓：「不拘资品乃昔年陆光祖自为内阁地。今推鑨、丕扬，显属徇私。前吏部尝两推阁臣，可具录姓名以上。」于是备列沈鲤、李世达、罗万化、陈于陛、赵用贤、朱赓、于慎行、石星、曾同亨、邓以讃等。而世达故左都御史也，帝复不悦。谓：「诏旨不许推都御史，何复及世达。家屏旧辅臣，不当擅议起用。」乃命于陛、一贯入阁，而谪宪成及员外郎黄缙、王同休，主事章嘉祯、黄中色为杂职。锡爵首疏救，有年及参鲁等疏继之，帝并不纳。赵志臯张位亦佯为言。而二人者故不由廷推，因谓：「辅臣当出特简，廷推由陆光祖交通言路为之，不可为法。」帝喜。隆旨再谯责，遂免缙等贬谪，但停俸一年。给事中卢明诹疏救宪成。帝怒，贬明诹秩，斥宪成为民。
不久，孙有年由左侍郎升任南京右都御史。万历二十一年，他与吏部尚书温纯共同主持京官考核，所罢免的官员都很得当。没多久，他就接替了温纯的职位。这年秋天，孙鑨辞职，皇帝召孙有年回京任命为吏部尚书。他住在官署中，会见宾客就在待漏所。他任用的下属官员，都是当时杰出的人才。第二年，王锡爵即将退休，朝廷推举内阁大臣，皇帝下诏说不必拘泥于资历和品级。孙有年当时正在休假，侍郎赵参鲁、盛讷、文选郎顾宪成前去咨询他，列出了原大学士王家屏、原礼部尚书沈鲤、原吏部尚书孙鑨、礼部尚书沈一贯、左都御史孙丕扬、吏部侍郎邓以赞、少詹事冯琦七个人的名字上报。这是因为孙鑨和孙丕扬不是翰林出身，算是不拘泥于资历；冯琦是四品官，算是不拘泥于品级。王家屏因为争论立太子的事离职，皇帝心里很不愿意用他。又推举吏部尚书和左都御史，这不符合旧例，皇帝下旨严厉责备。说：“不拘泥于资历品级，是当年陆光祖为自己进入内阁铺路。现在推举孙鑨、孙丕扬，明显是徇私。以前吏部曾两次推举内阁大臣，可以详细列出姓名上报。”于是他们又列出了沈鲤、李世达、罗万化、陈于陛、赵用贤、朱赓、于慎行、石星、曾同亨、邓以赞等人。而李世达原是左都御史，皇帝又不高兴。说：“诏旨不允许推举都御史，为什么又提到李世达。王家屏是原来的辅臣，不应当擅自提议起用。”于是命令陈于陛、沈一贯入阁，而将顾宪成及员外郎黄缙、王同休，主事章嘉祯、黄中色贬为杂职。王锡爵首先上疏营救，孙有年及赵参鲁等人也相继上疏，皇帝都不采纳。赵志皋、张位也假意为他们说话。而这两个人本来就不是通过朝廷推举入阁的，于是说：“辅臣应当由皇帝特别选拔，朝廷推举是陆光祖勾结言路搞出来的，不能作为法则。”皇帝很高兴。下旨再次责备，于是免除了黄缙等人的贬谪，只停发一年俸禄。给事中卢明诹上疏营救顾宪成。皇帝发怒，贬了卢明诹的官职，将顾宪成贬为平民。
有年抗疏言：「阁臣廷推，其来旧矣。曩杨巍秉铨，臣署文选，廷推阁臣六人，今元辅锡爵即是年所推也。臣邑前有两阁臣，弘治时谢迁，嘉靖时吕本，并由廷推，官止四品，而耿裕、闻渊则以吏部尚书居首。是廷推与推及吏部，皆非自今创也。至不拘资品，自出圣谕，臣敢不仰承。」因固乞骸骨。帝得疏，以其词直，温旨慰答。有年自是累疏称疾乞罢。帝犹慰留，赉食物、羊酒。有年请益力。最后，以身虽退，遗贤不可不录，力请帝起废。帝报闻。有年遂杜门不出。数月中，疏十四上。乃予告，乘传归。归装，书一箧，衣一笥而已。二十六年正月卒，年六十有八。四月诏起南京右都御史，而有年已前卒。赠太子太保，谥恭介。
孙有年直言上疏说：“内阁大臣由朝廷推举，由来已久了。从前杨巍掌管吏部，我代理文选司，朝廷推举了六位内阁大臣，现在的首辅王锡爵就是那年推举的。我的家乡以前有两位内阁大臣，弘治年间的谢迁，嘉靖年间的吕本，都是通过朝廷推举，官阶只有四品，而耿裕、闻渊则是以吏部尚书的身份排在首位。可见朝廷推举以及推举吏部尚书，都不是从今天才开始的。至于不拘泥于资历品级，本是出于圣上的谕旨，我怎么敢不遵奉呢？”于是坚决请求退休。皇帝看到奏疏，认为他言辞耿直，用温和的诏书安慰答复他。孙有年从此多次上疏称病请求罢官。皇帝仍然安慰挽留，赏赐食物、羊和酒。孙有年请求得更坚决。最后，他认为自己虽然退职，但遗留下来的贤才不能不录用，极力请求皇帝起用被废黜的官员。皇帝只答复知道了。孙有年于是闭门不出。几个月内，上了十四道奏疏。皇帝才批准他休假，让他乘坐驿车回乡。他回乡的行装，只有一箱书，一箱衣服而已。万历二十六年正月去世，享年六十八岁。四月，皇帝下诏起用他为南京右都御史，但孙有年已经去世了。追赠太子太保，谥号恭介。
故事，吏部尚书未有以他官起者。屠滽掌都察院，杨博、严清掌兵部，皆用原衔领之。南京兵部尚书杨成起掌南院，亦领以故衔。有年以右都御史起，盖帝欲用之，而政府阴抑之也。有年风节高天下。两世朊仕，无宅居其妻孥，至以油莫障漏。其归自江西，故庐火，乃僦一楼居妻孥，而身栖僧舍。其刻苦如此。
按照旧例，吏部尚书没有以其他官职起用的。屠滽掌管都察院，杨博、严清掌管兵部，都是用原来的官衔兼任。南京兵部尚书杨成被起用掌管南京都察院，也是用原来的官衔兼任。孙有年以右都御史的身份被起用，大概是皇帝想用他，而内阁暗中压制他。孙有年的风骨气节高于天下。他两代人都做高官，却没有房子给妻子儿女居住，甚至用油布来遮挡漏雨。他从江西回乡时，原来的房子失火，于是租了一栋楼给妻子儿女住，自己却住在僧舍里。他刻苦到这种程度。
孙丕扬，字叔孝，富平人。嘉靖三十五年考中进士。被授予行人官职。升任御史。先后巡视京畿、淮安、扬州，刚正不阿，有风骨气度。隆庆年间，升任大理寺丞。因为曾经弹劾高拱，高拱的门生给事中程文诬告弹劾孙丕扬，孙丕扬被免职等候审查。高拱被罢官后，事情得以澄清，孙丕扬被起用恢复原职。
万历元年，孙丕扬升任右佥都御史，巡抚保定等府。他以严厉治理政务，下属官吏都战战兢兢。他巡视关隘，增设了三百多座敌楼，修筑了万余丈边墙。因功升任右副都御史。宦官冯保的家在京城附近，张居正嘱咐孙丕扬为他建造牌坊，孙丕扬拒绝不答应。他知道两人一定会发怒，于是在万历五年春天称病辞官回乡。
这年冬天考核京官，言官迎合张居正的意旨弹劾孙丕扬。皇帝下诏起用他时，将他调往南京任职。巡视陕西的御史，知道冯保等人对他怀恨不已，暗中暗示西安知府罗织他的贪赃罪名。知府派小吏报告御史，小吏被老虎吃了。等到再次报告时，张居正已经死了，事情才得以化解。孙丕扬被起用为应天府尹。又召入朝廷任命为大理寺卿，升任户部右侍郎。
十五年，河北大饥。丕扬乡邑及邻县蒲城、同官至采石为食。丕扬伤之，进石数升于帝，因言：「今海内困加派，其穷非止啖石之民也。宜宽赋节用，罢额外征派有诸不急务，损上益下，以培苍生大命。」帝感其言，颇有所减罢。
万历十五年，河北发生大饥荒。孙丕扬的家乡以及邻县蒲城、同官，百姓甚至采石头当食物。孙丕扬很痛心，进献了几升石头给皇帝，并说：“现在天下百姓被加派的赋税所困，穷困的不只是吃石头的百姓。应当放宽赋税、节省开支，取消额外的征收摊派和各种不急之务，损上益下，以养育天下百姓的生命。”皇帝被他的话感动，减免和取消了不少项目。
寻由左侍郎擢南京右都御史，以病归。召拜刑部尚书。丕扬以狱多滞囚，由公移牵制。议刑部、大理各置籍，凡狱上刑部，次日即详谳大理，大理审允，次日即还刑部，自是囚无淹系。寻奏：「五岁方恤刑，恐冤狱无所诉。请敕天下抚按，方春时和，令监司按行州县，大录系囚，按察使则录会城囚。死罪矜疑及流徒以下可原者，抚按以达于朝，期毋过夏月。轻者立遣，重者仍听部裁，岁以为常。」帝报从之。已，条上省刑省罚各三十二事。帝称善，优诏褒纳。自是刑狱大减。有内坚杀人，逃匿禁中。丕扬奏捕，卒论戍。改左都御史。陈台规三事，请专掌印、重巡方、久巡城，著为令。已，又言：「闾阎民瘼非郡邑莫济，郡邑吏治非抚按监司莫清。抚按监司风化，非部院莫饬。请立约束颁天下，奖廉抑贪，共励官箴。」帝咸优诏报许。
不久，孙丕扬由左侍郎升任南京右都御史，因病回乡。后被召入朝廷任命为刑部尚书。孙丕扬认为监狱中滞留的囚犯很多，是由于公文往来互相牵制。他建议刑部、大理寺各自设立档案，凡是案件上报刑部，第二天就详细审理并移交大理寺，大理寺审核批准后，第二天就交回刑部，从此囚犯不再被长期关押。不久他又上奏说：“每五年才审理一次冤狱，恐怕冤案无处申诉。请求下令天下巡抚和巡按御史，在春天天气和暖时，让监司巡视各州县，大规模审理在押囚犯，按察使则审理省城的囚犯。死罪中值得怜悯和可疑的，以及流放、徒刑以下可以原谅的，由巡抚和巡按上报朝廷，期限不要超过夏天。轻罪的立即释放，重罪的仍然由刑部裁决，每年都按此办理。”皇帝下诏同意。之后，他又逐条上奏了省刑和省罚各三十二件事。皇帝称赞，下旨褒奖采纳。从此刑狱大大减少。有个宦官杀了人，逃匿在宫中。孙丕扬上奏请求逮捕，最终将他判罪流放。孙丕扬改任左都御史。他陈述了都察院的规章制度三件事，请求专掌印信、重视巡按御史、延长巡城御史的任期，并写入法令。之后，他又说：“民间疾苦非地方官不能解决，地方官的吏治非巡抚、巡按、监司不能澄清。巡抚、巡按、监司的风纪，非都察院不能整饬。请求制定约束条例颁布天下，奖励廉洁、抑制贪污，共同勉励为官之德。”皇帝都下旨褒奖同意。
二十二年，拜吏部尚书。丕扬挺劲不挠，百僚无敢以私干者，独患中贵请谒。乃创为掣签法，大选急选，悉听其人自掣，请寄无所容。一时选人盛称无私，然铨政自是一大变矣。二十三年，大计外吏。九江知府沈铁尝为衡州同知，发巡抚秦耀罪，江西提学佥事马犹龙尝为刑部主事，定御史祝大舟赃贿，遂为庇者所恶。考功郎蒋时馨黜之，丕扬不能察。及时馨为赵文炳所劾，丕扬力与辨雪。谓衅由丁此吕，此吕坐逮。丕扬又力诋沈思孝，于是思孝及员外郎岳元声连章讦丕扬。丕扬请去甚力。其冬，帝以军政故，贬两京言官三十余人。丕扬犹在告，偕九卿力谏，弗纳。已而帝恶大学士陈于陛论救，谪诸言官边方。丕扬等复抗疏谏，帝益怒，尽除其名。
万历二十二年，孙丕扬被任命为吏部尚书。他刚强正直、不屈不挠，百官没有敢以私事求他的，唯独担心宦官来请托。于是他创立了掣签法，大选和急选，都让候选官员自己抽签，请托行不通。一时间候选官员都称赞他无私，但选拔官员的制度从此发生了重大变化。万历二十三年，考核地方官。九江知府沈铁曾经担任衡州同知，揭发巡抚秦耀的罪行；江西提学佥事马犹龙曾经担任刑部主事，判定御史祝大舟贪赃受贿，于是被包庇他们的人所憎恨。考功郎蒋时馨罢免了他们，孙丕扬没有察觉。等到蒋时馨被赵文炳弹劾，孙丕扬极力为他辩白。说事端是由丁此吕引起的，丁此吕因此被逮捕。孙丕扬又极力诋毁沈思孝，于是沈思孝和员外郎岳元声接连上奏攻击孙丕扬。孙丕扬极力请求离职。这年冬天，皇帝因为军政事务，贬谪了南京和北京的三十多名言官。孙丕扬当时还在休假，与九卿一起极力劝谏，皇帝不接受。不久皇帝厌恶大学士陈于陛论救，将各位言官贬到边疆。孙丕扬等人又直言上疏劝谏，皇帝更加愤怒，将他们全部革职除名。
初，帝虽以夙望用丕扬，然不甚委信。有所推举，率用其次。数请起废，辄报罢。丕扬以志不行，已怀去志，及是杜门逾半岁。疏十三上，多不报。至四月，温谕勉留，乃复起视事。主事赵学仕者，大学士志臯族弟也，坐事议调，文选郎唐伯元辄注饶州通判。俄学仕复以前事被讦，给事中刘道亨因劾吏部附势，语侵丕扬。博士周献臣有所陈论，亦颇侵之。丕扬疑道亨受同官周孔教指，献臣又孔教宗人，益疑之，复三疏乞休。最后贻书大学士张位，恳其拟旨允放。位如其言。丕扬闻，则大恚，谓位逐己，上疏诋位及道亨、孔教、献臣、思孝甚力。帝得疏，不直丕扬。位亦疏辩求退，帝复诏慰留，而位同官陈于陛、沈一贯亦为位解。丕扬再被责让，许驰传去。
起初，皇帝虽然因为孙丕扬的声望而任用他，但并不是很信任他。有所推举时，往往采用排名靠后的人。孙丕扬多次请求起用被废黜的官员，总是被驳回。孙丕扬因为志向不能实现，已经怀有离职的想法，到这时闭门不出超过半年。他上了十三道奏疏，大多没有答复。到了四月，皇帝才下旨温和地劝勉挽留，他才重新出来理事。主事赵学仕，是大学士赵志皋的同族弟弟，因事被议定调职，文选郎唐伯元就将他注为饶州通判。不久赵学仕又因以前的事被攻击，给事中刘道亨于是弹劾吏部依附权势，言语中冒犯了孙丕扬。博士周献臣有所陈述议论，也冒犯了他。孙丕扬怀疑刘道亨受同僚周孔教指使，周献臣又是周孔教的同族人，更加怀疑，又三次上疏请求退休。最后他写信给大学士张位，恳求他拟旨批准自己离职。张位照办了。孙丕扬听说后，非常愤怒，认为张位驱逐自己，上疏极力诋毁张位以及刘道亨、周孔教、周献臣、沈思孝。皇帝看到奏疏，认为孙丕扬不对。张位也上疏辩解并请求辞职，皇帝又下诏安慰挽留，而张位的同僚陈于陛、沈一贯也为张位辩解。孙丕扬再次被责备，皇帝允许他乘驿车离去。
久之，起南京吏部尚书，辞不就。及吏部尚书李戴免，帝艰其代，以侍郎杨时乔摄之。时乔数请简用尚书。帝终念丕扬廉直，三十六年九月，召起故官。屡辞，不允。明年四月始入都，年七十有八矣。三十八年大计外吏，黜陟咸当。又奏举廉吏布政使汪可受、王佐、张偲等二十余人，诏不次擢用。
过了很久，孙丕扬被起用为南京吏部尚书，他推辞不就任。等到吏部尚书李戴被免职，皇帝难以找到替代的人，让侍郎杨时乔代理。杨时乔多次请求选拔任用尚书。皇帝最终念及孙丕扬廉洁正直，在万历三十六年九月，召他恢复原职。他多次推辞，皇帝不允许。第二年四月他才入京，已经七十八岁了。万历三十八年考核地方官，他罢免和提升都很得当。又上奏举荐廉洁的官员布政使汪可受、王佐、张偲等二十多人，皇帝下诏破格提拔任用。
先是，南北言官群击李三才、王元翰，连及里居顾宪成，谓之东林党。而祭酒汤宾尹、谕德顾天飐各收召朋徒，干预时政，谓之宣党、昆党；以宾尹宣城人，天飐昆山人也。御史徐兆魁、乔应甲、刘国缙、郑继芳、刘光复、房壮丽，给事中王绍徽，朱一桂、姚宗文、徐绍吉、周永春辈，则力排东林，与宾尹、天飐声势相倚，大臣多畏避之。至是，继芳巡按浙江，有伪为其书抵绍徽、国缙者，中云「欲去福清，先去富平；欲去富平，先去耀州兄弟」。又言「秦脉斩断，吾辈可以得志」。福清谓叶向高，耀州谓王国、王图，富平即丕扬也。国时巡抚保定，图以吏部侍郎掌翰林院，与丕扬皆秦人，故曰「秦脉」。盖小人设为挑激语，以害继芳辈，而其书乃达之丕扬所。丕扬不为意。会御史金明时居官不职，虑京察见斥，先上疏力攻图，并诋御史史记事、徐缙芳，谓为图心腹。及图、缙芳疏辩，明时再劾之，因及继芳伪书事。国缙疑书出缙芳及李邦华、李炳恭、徐良彦、周起元手，因目为「五鬼」；五人皆选授御史候命未下者也。当是时，诸人日事攻击，议论纷呶，帝一无所问，则益植党求胜，朝端哄然。
在此之前，南京和北京的言官群起攻击李三才、王元翰，并牵连到家居的顾宪成，称他们为东林党。而国子监祭酒汤宾尹、谕德顾天飐各自招揽门徒，干预时政，被称为宣党、昆党；因为汤宾尹是宣城人，顾天飐是昆山人。御史徐兆魁、乔应甲、刘国缙、郑继芳、刘光复、房壮丽，给事中王绍徽、朱一桂、姚宗文、徐绍吉、周永春等人，则极力排斥东林党，与汤宾尹、顾天飐声势互相倚仗，大臣们大多畏惧躲避他们。到这时，郑继芳巡按浙江，有人伪造了一封给他的信送到王绍徽、刘国缙那里，信中说“想要除去福清，先要除去富平；想要除去富平，先要除去耀州兄弟”。又说“秦地的脉络被斩断，我们就可以得志了”。福清指叶向高，耀州指王国、王图，富平就是孙丕扬。王国当时巡抚保定，王图以吏部侍郎的身份掌管翰林院，与孙丕扬都是陕西人，所以称为“秦脉”。这是小人设置的挑拨激怒的话，用来陷害郑继芳等人，而这封信却送到了孙丕扬那里。孙丕扬不以为意。恰逢御史金明时做官不称职，担心京官考核时被斥退，先上疏极力攻击王图，并诋毁御史史记事、徐缙芳，说他们是王图的心腹。等到王图、徐缙芳上疏辩白，金明时再次弹劾他们，并牵连到郑继芳的假信事件。刘国缙怀疑信出自徐缙芳及李邦华、李炳恭、徐良彦、周起元之手，于是将他们视为“五鬼”；这五个人都是被选授为御史但等候任命尚未下达的人。在这个时候，这些人每天进行攻击，议论纷纷，皇帝一概不过问，于是他们更加结党营私以求取胜，朝廷上一片喧闹。
及明年三月，大计京官。丕扬与侍郎萧云举、副都御史许弘纲领其事，考功郎中王宗贤、吏科都给事中曹于汴、河南道御史汤光京、协理御史乔允升佐之。故御史康丕扬、徐大化，故给事中钟兆斗、陈治则、宋一韩、姚文蔚，主事郑振先、张嘉言及宾尹、天飐、国缙咸被察，又以年例出绍徽、应甲于外。群情翕服，而诸不得志者深衔之。当计典之初举也，兆京谓明时将出疏要挟，以激丕扬。丕扬果怒，先期止明时过部考察，特疏劾之。旨下议罪，而明时辩疏复犯御讳。帝怒，褫其职。其党大哗。谓明时未尝要挟兆京，只以劾图一疏实之，为图报复。于是刑部主事秦聚奎力攻丕扬，为宾尹、大化、国缙、绍徽、应甲、嘉言辨。时部院察疏犹未下，丕扬奏趣之，因发聚奎前知绩溪、吴江时贪虐状。帝方向丕扬，亦褫聚奎职。由是党人益愤，谓丕扬果以伪书故斥绍徽、国缙，且二人与应甲尝攻三才、元翰，故代为修隙，议论汹汹。弘纲闻而畏之。累请发察疏，亦若以丕扬为过当者。党人藉其言，益思撼丕扬。礼部主事丁元荐甫入朝，虑察疏终寝，抗章责弘纲，因尽发昆、宣党构谋状。于是一桂、继芳、永春、光魁、宗文争击元荐，为明时等讼冤。赖向高调获，至五月察疏乃下。给事中彭惟成、南京给事中高节，御史王万祚、曾成易犹攻讦不已。丕扬以人言纷至，亦屡疏求去，优诏勉留。先是，杨时乔掌察，斥科道钱梦臯等十人，特旨留任。至是丕扬亦奏黜之，群情益快。
到了第二年三月，进行京官考核。孙丕扬与侍郎萧云举、副都御史许弘纲主持此事，考功郎中王宗贤、吏科都给事中曹于汴、河南道御史汤光京、协理御史乔允升协助。原御史康丕扬、徐大化，原给事中钟兆斗、陈治则、宋一韩、姚文蔚，主事郑振先、张嘉言以及汤宾尹、徐天飐、刘国缙都被列入考察名单，又按年例将王绍徽、秦应甲调出京城。众人心服，但那些不得志的人深怀怨恨。在考核刚开始时，汤光京说王明时将要上疏要挟，以此激怒孙丕扬。孙丕扬果然发怒，提前阻止王明时到部里接受考察，并专门上疏弹劾他。圣旨下达议罪，而王明时的辩解奏疏又触犯了皇帝的名讳。皇帝发怒，革去了他的官职。他的同党大哗，说王明时并未要挟汤光京，只是因弹劾图谋不轨的奏疏被诬陷，是为了报复。于是刑部主事秦聚奎极力攻击孙丕扬，为汤宾尹、徐大化、刘国缙、王绍徽、秦应甲、张嘉言辩解。当时部院的考察奏疏还未下达，孙丕扬上奏催促，并揭发秦聚奎先前任绩溪、吴江知县时的贪污暴虐情况。皇帝正偏向孙丕扬，也革去了秦聚奎的官职。从此党人更加愤怒，说孙丕扬果然因伪造的书信而斥退王绍徽、刘国缙，而且这两人与秦应甲曾攻击过王三才、元翰，所以孙丕扬替他们报复，议论纷纷。许弘纲听说后感到害怕，多次请求下发考察奏疏，也似乎认为孙丕扬做得过分。党人借他的话，更加想动摇孙丕扬。礼部主事丁元荐刚入朝，担心考察奏疏最终被搁置，上奏章指责许弘纲，并全部揭发了昆党、宣党结党营私的情况。于是一桂、继芳、永春、光魁、宗文争相攻击丁元荐，为王明时等人申冤。幸亏叶向高调解，到五月考察奏疏才下达。给事中彭惟成、南京给事中高节，御史王万祚、曾成易仍然攻击不止。孙丕扬因众人议论纷纷，也多次上疏请求离职，皇帝下诏优厚地勉励挽留。在此之前，杨时乔主持考察，斥退科道官钱梦臯等十人，皇帝特旨留任。到这时孙丕扬也上奏罢黜他们，众人更加痛快。
丕场以白首趋朝，非荐贤无以报国。先后推毂林居耆硕，若沈鲤、吕坤、郭正域、丘度、蔡悉、顾宪成、赵南星、邹元标、冯从吾、于玉立、高攀龙、刘元珍、庞时雍、姜士昌、范涞、欧阳东凤辈。帝雅意不用旧人，悉寝不报。丕扬又请起故御史钱一本等十三人，故给事中钟羽正等十五人，亦报罢。丕扬齿虽迈，帝重其老成清德，眷遇益隆。而丕扬乞去不已，疏复二十余上。既不得请，则于明年二月拜疏径归。向高闻之，急言于上。诏令乘传，且敕所司存问。既而丕扬疏谢，因陈时政四事，帝复优诏报之。家居二年卒，年八十三。赠太保。天启初，追谥恭介。
孙丕扬因年老入朝，认为不推荐贤才就无法报国。他先后推荐了隐居的德高望重之人，如沈鲤、吕坤、郭正域、丘度、蔡悉、顾宪成、赵南星、邹元标、冯从吾、于玉立、高攀龙、刘元珍、庞时雍、姜士昌、范涞、欧阳东凤等人。皇帝一向不愿起用旧臣，全部搁置不答复。孙丕扬又请求起用原御史钱一本等十三人，原给事中钟羽正等十五人，也答复不准。孙丕扬虽年事已高，但皇帝看重他老成清廉的品德，对他更加优待。而孙丕扬不断请求离职，又上了二十多次奏疏。既然得不到批准，就在第二年二月上疏后直接回乡。叶向高听说后，急忙向皇帝进言。皇帝下诏让他乘驿车回乡，并命令有关部门慰问。不久孙丕扬上疏谢恩，并陈述了四件时政要事，皇帝又下诏优厚答复。他在家住了两年后去世，享年八十三岁。追赠太保。天启初年，追谥恭介。
蔡国珍，字汝聘，奉新人。嘉靖三十五年进士。乡人严嵩当国，欲罗致门下。国珍不应，乞就南，为刑部主事。盗七十余人久系，谳得其情，减释过半。就改吏部，进郎中。出为福建提学副使，以侍养归。遭母丧。服除，遂不出。家居垂二十年。张居正既卒，朝议大起废籍。万历十一年，仍以故官莅福建。迁湖广右参政，分守辰沅。洞蛮乱，将吏议剿，国珍檄谕之，遂定。历浙江左布政使，以右佥都御史提督操江。召为左副都御史，历吏部左、右侍郎，与尚书孙鑨、陈有年综核铨政。擢南京吏部尚书。
蔡国珍，字汝聘，奉新人。嘉靖三十五年进士。同乡严嵩当权，想把他招揽到门下。蔡国珍不答应，请求到南方任职，任刑部主事。七十多名盗贼长期被关押，他审讯查得实情，减免释放了超过一半。随即改任吏部，升为郎中。出任福建提学副使，因侍奉父母而回乡。遭遇母亲去世。服丧期满后，便不再出仕。在家住了将近二十年。张居正去世后，朝廷商议大规模起用被废黜的官员。万历十一年，仍以原官到福建任职。升任湖广右参政，分守辰沅。洞蛮作乱，将吏商议剿灭，蔡国珍发檄文晓谕他们，于是平定。历任浙江左布政使，以右佥都御史提督操江。召入任左副都御史，历任吏部左、右侍郎，与尚书孙鑨、陈有年综核铨选政务。升任南京吏部尚书。
二十四年闰八月，孙丕扬去国，帝久不除代。部事尽弛，其年十二月竟废大选。阁臣及言官数为言，明年二月，始命国珍为吏部尚书。三殿灾，率诸臣请修省。旋有诏起废。国珍列三等，人品正大、心术光明者，文选郎王教等二十四人；才有足录、过无可弃者，给事中乔允等三十三人；因人诖误、衅非己作者，给事中耿随龙等三十六人，并请录用。竟报寝。明年三月，倡廷臣诣文华门请举皇长子册立、冠婚，言必得请方退。帝遣中官谕曰：「此大典，稍需时耳，何相挟若是！」乃顿首出。给事中戴士衡劾文选郎白所知赃私，国珍为辨，且求罢。帝不听，除所知名。御史况上进因谕国珍八罪。帝察其诬，不问。国珍遂称疾，累疏乞休。先是，丕扬坐忤张位去官，位欲援同己者为助，以国珍乡人，汲引甚力。及秉铨，一守成宪，不为位用。位恶之，国珍乃怀去志。至是，帝忽怒吏部，贬黜诸郎二十二人。国珍求去益力，许乘传归。
万历二十四年闰八月，孙丕扬离开朝廷，皇帝很久不任命接替者。吏部事务全部废弛，当年十二月竟废除了大选。阁臣和言官多次进言，第二年二月，才任命蔡国珍为吏部尚书。三殿发生火灾，他率领群臣请求修身反省。不久有诏书起用被废黜的官员。蔡国珍列出三等：人品正大、心术光明的人，文选郎王教等二十四人；才能有可取之处、过失不可抛弃的人，给事中乔允等三十三人；因他人牵连、过错非自己造成的人，给事中耿随龙等三十六人，一并请求录用。最终被搁置不答复。第二年三月，他倡导廷臣到文华门请求举行皇长子的册立、冠婚典礼，说必须得到批准才退下。皇帝派宦官传谕说：“这是大典，稍等些时间，何必如此要挟！”于是叩头退出。给事中戴士衡弹劾文选郎白所知贪赃，蔡国珍为他辩解，并请求罢免自己。皇帝不听，革去了白所知的官职。御史况上进趁机弹劾蔡国珍八条罪状。皇帝察觉是诬陷，不予追究。蔡国珍于是称病，多次上疏请求退休。在此之前，孙丕扬因触犯张位而离职，张位想拉拢同党相助，因蔡国珍是同乡，极力引荐。等到蔡国珍执掌铨选，完全遵守成规，不为张位所用。张位厌恶他，蔡国珍于是有了去意。到这时，皇帝忽然对吏部发怒，贬黜了二十多名郎中。蔡国珍更加坚决地请求离职，皇帝允许他乘驿车回乡。
初，杨巍为吏部，与内阁相比，得居位八年。自宋𫄸、陆光祖力与阁抗，权虽归部，身不容，故自𫄸至国珍卒未浃岁去，惟丕扬阅二年。时咸议阁臣怯，而惜糸熏等用未竟也。国珍素以学行称，风力不及孙鑨、陈有年，而清操似之，均为时望所属。家居十三年卒，年八十四。赠太子太保，谥恭靖。杨时乔，字宜迁，上饶人。嘉靖四十四年进士。除工部主事。榷税杭州，令商人自署所入，输之有司，无所预。隆庆元年冬，上时政要务，言：「几之当慎者三，以日勤朝讲为修德之几，亲裁章奏为出令之几，听言能断为图事之几。弊之最重者九：曰治体怠弛，曰法令数易，曰赏罚无章，曰用度太繁，曰鬻官太滥，曰庄田扰民，曰习俗侈靡，曰士气卑弱，曰议论虚浮。势之偏重者三：宦寺难制也，宗禄难继也，边备难振也。」疏入，帝褒纳，中外传诵焉。
当初，杨巍任吏部尚书，与内阁勾结，得以在位八年。自从宋𫄸、陆光祖极力与内阁对抗，权力虽归吏部，但自身不容于朝，所以从宋𫄸到蔡国珍最终都不到一年就离职，只有孙丕扬任职两年。当时都议论阁臣怯懦，而惋惜宋𫄸等人的才能未能充分发挥。蔡国珍一向以学问品行著称，魄力不如孙鑨、陈有年，但清廉操守与他们相似，都是当时众望所归。在家住了十三年后去世，享年八十四岁。追赠太子太保，谥号恭靖。杨时乔，字宜迁，上饶人。嘉靖四十四年进士。授官工部主事。在杭州征收商税，让商人自己申报收入，交给有关部门，他从不干预。隆庆元年冬天，上奏时政要务，说：“应当谨慎的机要有三：以每日勤于朝讲为修德的机要，亲自裁决章奏为发令的机要，听取意见能决断为谋划事务的机要。最严重的弊端有九：治体懈怠松弛，法令频繁更改，赏罚没有章法，用度太过繁重，卖官太滥，庄田扰民，习俗奢侈靡费，士气卑弱，议论虚浮。偏重的形势有三：宦官难以控制，宗室俸禄难以维持，边防难以振兴。”奏疏呈入，皇帝褒奖采纳，朝廷内外传诵。
擢礼部员外郎，迁南京尚宝丞。万历初，以养亲去。服除，起南京太仆丞，复迁尚宝。移疾归。时乔雅无意荣进，再起再告。阅十七年始荐起尚宝卿，四迁南京太常卿。疏请议建文帝谥，祠礼死节诸臣。就迁通政使。秩满，连章乞休，不允。三十一年冬，召拜吏部左侍郎。时李戴已致仕，时乔至即署部事。绝请谒，谢交游，止宿公署，苞苴不及门。及大计京朝官，首辅沈一贯欲庇其所私，惮时乔方正，将令兵部尚书萧大亨主之，次辅沈鲤不可而止。时乔乃与都御史温纯力锄政府私人。若给事中钱梦臯、御史张似渠、于永清辈，咸在察中，又以年例出给事中钟兆斗于外。一贯大愠，密言于帝，留察疏不下。梦臯亦假楚王事再攻郭正域，谓主察者为正域驱除。帝意果动，特留梦臯；已，尽留科道之被察者，而严旨责时乔等报复。时乔等惶恐奏辨，请罢斥，帝不问。梦臯既留，遂合兆斗累疏攻纯，并侵时乔。时乔求去。已而员外郎贺灿然请斥被察科道，亦诋纯挟权斗捷，顾独称时乔。又言：「陛下睿断躬操，非阁臣所能窃弄」，意盖为一贯解。时乔以与纯共事，复疏请贬黜，不报。及纯去，梦臯、兆斗亦引归。帝复降旨谯让，谓「祖宗朝亦常留被察科道，何今日揣疑君父，诬诋辅臣」。因责诸臣朋比，令时乔策励供职，而尽斥灿然及刘元珍、庞时雍辈。时乔叹曰：「主察者逐，争察者亦窜矣，尚可颜居此乎？」九疏引疾，竟不得请。时中外缺官多不补，而群臣省亲养病给假，及建言诖误被谴者，充满林下，率不获召。时乔乃备列三百余人，三疏请录用。三十四年，皇长孙生，有诏起废，时乔复列上迁谪邹元标等九十六人，削籍范俊等一百十人。帝卒不省。
升任礼部员外郎，调任南京尚宝丞。万历初年，因奉养父母离职。服丧期满，起用为南京太仆丞，又调任尚宝。称病回乡。杨时乔一向无意于荣华进取，再次起用又再次告假。过了十七年才被推荐起用为尚宝卿，四次升迁至南京太常卿。上疏请求议定建文帝的谥号，为死节的诸臣建立祠庙祭祀。随即升任通政使。任期届满，连续上章请求退休，未获批准。万历三十一年冬天，召入任吏部左侍郎。当时李戴已退休，杨时乔到任即署理部事。他杜绝请托，谢绝交游，住在公署，贿赂不上门。等到考核京朝官，首辅沈一贯想庇护他的亲信，但忌惮杨时乔方正，打算让兵部尚书萧大亨主持，次辅沈鲤不同意而作罢。杨时乔于是与都御史温纯大力铲除内阁的私人。如给事中钱梦臯、御史张似渠、于永清等人，都在考察名单中，又按年例将给事中钟兆斗调出京城。沈一贯大怒，秘密向皇帝进言，扣留考察奏疏不下发。钱梦臯也借楚王之事再次攻击郭正域，说主持考察的人是为郭正域排除异己。皇帝果然动心，特旨留下钱梦臯；不久，全部留下了被考察的科道官，并严旨责备杨时乔等人报复。杨时乔等人惶恐地上奏辩解，请求罢免，皇帝不予追究。钱梦臯被留任后，便联合钟兆斗多次上疏攻击温纯，并牵连杨时乔。杨时乔请求离职。不久员外郎贺灿然请求斥退被考察的科道官，也诋毁温纯挟权斗胜，却唯独称赞杨时乔。又说：“陛下亲自掌握英明决断，不是阁臣能暗中操纵的”，意思是为沈一贯开脱。杨时乔因与温纯共事，又上疏请求贬黜，未获答复。等到温纯离职，钱梦臯、钟兆斗也引退回乡。皇帝又降旨责备，说“祖宗朝也常留下被考察的科道官，为何今日揣测怀疑君父，诬蔑诋毁辅臣”。于是斥责诸臣结党，命令杨时乔勉力供职，并全部斥退贺灿然及刘元珍、庞时雍等人。杨时乔叹息说：“主持考察的人被驱逐，争论考察的人也被流放，还有何脸面待在这里？”九次上疏称病，最终未获批准。当时朝廷内外缺官多不补，而群臣省亲、养病、给假，以及因建言被牵连遭贬斥的人，充满林下，大多不被召用。杨时乔于是详细列出三百多人，三次上疏请求录用。万历三十四年，皇长孙出生，有诏书起用废黜官员，杨时乔又列出迁谪的邹元标等九十六人，削籍的范俊等一百一十人。皇帝最终没有省察。
明年，大计外吏。时乔已偕副都御史詹沂受事，居数日，帝忽命户部尚书赵世卿代时乔，遂中辍；盖去冬所批察疏，至是误发之也。辅臣朱赓谓非体，立言于帝。帝亦觉其误，即日收还。时乔坚辞不肯任，吏科陈治则劾其怨怼无人臣礼。有旨诘责，时乔乃再受事。永年伯王栋卒，其子明辅请袭。时乔以外戚不当传世，固争之，弗听。时一贯已罢，言路争击其党。而李廷机者，一贯教习门生也，阁臣阙，众多推之；惟给事中曹于汴、宋一韩、御史陈宗契持不可。时乔卒从众议。未几，又推黄汝良、全天叙为侍郎，诸攻一贯者益不悦。给事中王元翰、胡忻遂交劾时乔。时乔疏辨，力求罢。
第二年，考核地方官。杨时乔已与副都御史詹沂接受任务，过了几天，皇帝忽然命户部尚书赵世卿代替杨时乔，于是中途停止；大概是去年冬天批复的考察奏疏，到这时误发了。辅臣朱赓说这不合体制，立即向皇帝进言。皇帝也察觉了错误，当天收回成命。杨时乔坚决推辞不肯任职，吏科陈治则弹劾他心怀怨恨，无人臣之礼。有旨诘问责备，杨时乔才再次接受任务。永年伯王栋去世，他的儿子王明辅请求袭爵。杨时乔认为外戚不应世袭，坚决反对，皇帝不听。当时沈一贯已罢免，言官争相攻击他的党羽。而李廷机是沈一贯教习的门生，阁臣缺员，众人多推举他；只有给事中曹于汴、宋一韩、御史陈宗契认为不可。杨时乔最终听从了众人的意见。不久，又推举黄汝良、全天叙为侍郎，那些攻击沈一贯的人更加不满。给事中王元翰、胡忻于是交相弹劾杨时乔。杨时乔上疏辩解，极力请求罢免。
当是时，帝委时乔铨柄，又不置右侍郎，一人独理部事，铨叙平允。然堂陛扞格，旷官废事，日甚一日，而中朝议论方嚣，动见掣肘。时乔官位未崇，又自温纯去，久不置都御史，益无以镇厌百僚。由是上下相凌，纪纲日紊，言路得收其柄。时乔亦多委蛇，议者谅其苦心，不甚咎也。秉铨凡五年。最后起故尚书孙丕扬。未至，而时乔已卒。箧余一敝裘，同列赙襚以殓。诏赠吏部尚书，谥端洁。
在这个时候，皇帝将铨选大权交给杨时乔，又不设置右侍郎，他一人独理部事，铨选公平。然而朝廷上下隔阂，旷官废事，一天比一天严重，而朝中议论正嚣，动辄受到掣肘。杨时乔官位不高，又自温纯离职后，长期不设都御史，更加无法镇服百官。因此上下相凌，纲纪日益紊乱，言路得以掌握权柄。杨时乔也多委曲求全，议论者体谅他的苦心，不太责备他。他执掌铨选共五年。最后起用原尚书孙丕扬。孙丕扬未到任，而杨时乔已去世。箱中只剩一件破裘衣，同僚们凑钱为他办丧事。下诏追赠吏部尚书，谥号端洁。
时乔受业永丰吕怀，最不喜王守仁之学，辟之甚力，尤恶罗汝芳。官通政时具疏斥之曰：「佛氏之学，初不混于儒。乃汝芳假圣贤仁义心性之言，倡为见性成佛之教，谓吾学直捷，不假修为。于是以传注为支离，以经书为糟粕，以躬行实践为迂腐，以纲纪法度为桎梏。逾闲荡检，反道乱德，莫此为甚。望敕所司明禁，用彰风教。」诏从其言。
杨时乔师从永丰人吕怀，最不喜欢王守仁的学说，极力批驳，尤其厌恶罗汝芳。任通政时上疏斥责说：“佛家的学说，起初并不与儒家混淆。而罗汝芳假借圣贤仁义心性的言论，倡导见性成佛的教义，说我的学说直截了当，不需修养。于是把传注视为支离破碎，把经书视为糟粕，把躬行实践视为迂腐，把纲纪法度视为桎梏。逾越规范，违背道德，没有比这更严重的了。希望敕令有关部门明确禁止，以彰明风教。”皇帝下诏听从了他的意见。
赞曰：古者冢宰统百官，均四海，即宰相之任也。后代政柄始分，至明中叶，旁挠者众矣。严清诸人，清公素履，秉正无亏，彼岂以进退得失动其心哉。孙丕扬创掣签法，虽不能辨材任官，要之无任心营私之弊，茍非其人，毋宁任法之为愈乎！盖与时宜之，未可援古义以相难也。
史官评论说：古代冢宰统领百官、治理天下，就是宰相的职责。后代政权权力开始分散，到了明朝中期，从旁干扰的人很多。严清等人，清廉公正、品行一贯端正，秉持正道毫无缺失，他们难道会因为官职的升降得失而动摇心志吗？孙丕扬创立了掣签法，虽然不能根据才能选拔官员，但关键在于没有随心所欲、营私舞弊的弊端。如果找不到合适的人选，不如依靠法规制度更好！这大概是顺应时代需要而采取的办法，不能援引古代的原则来责难它。